是否可以在条形图中添加更多细节，如富因子和 pvalve？答案

【问题标题】：Is it possible to add few more details like rich factor to the bar graph along with the pvalve?是否可以在条形图中添加更多细节，如富因子和 pvalve？
【发布时间】：2022-12-05 22:03:43
【问题描述】：

Pathway	#Proteins	Pvalue	Richfactor
Peptide chain elongation	90	1.11E-16	0.5
Translation elongation	79	1.11E-16	0.7
P53 pathway	50	1.11E-16	0.2
cGAS sting pathway	20	1.11E-16	0.4

以上给出的是数据。使用此数据，我尝试生成具有 pvalue 和蛋白质的条形图，但我想向图表添加其他详细信息，例如上面数据中给出的 Rich factor。

library(ggplot2)
library(viridis)

top_fun <- read.delim(file="Pathways.txt",header = TRUE)

topfun <- as.data.frame(top_fun)
#Turn your 'Name' column into a character vector
topfun$Pathway <- as.character(topfun$Pathway)
#Then turn it back into a factor with the levels in the correct order
topfun$Pathway<- factor(topfun$Pathway, levels=unique(topfun$Pathway))



ggplot(topfun,aes(x=Group,y=topfun$Proteins,fill=topfun$Pvalue)) + 
  geom_col(position="dodge",width=0.4) +
  coord_flip() + scale_fill_viridis(option="mako")+
  facet_grid(Pathway~.)+
  theme(strip.text.y = element_text(angle = 0))

使用上面的代码我生成了这张图

我想在图表中添加其他详细信息，例如富因子。谢谢您的帮助！。

【问题讨论】：

标签： r ggplot2

【解决方案1】：

显而易见的事情是将 Richfactor 映射到 fill 变量。您可以直接将 p 值作为文本添加，因为它们似乎对映射到填充比例不是很有帮助，至少在这个例子中是这样

ggplot(topfun,aes(x = 'WT', y = Proteins, fill = Richfactor)) + 
  geom_col(position = "dodge", width = 0.4, color = 'gray50') +
  geom_text(aes(y = 1, label = paste('p =', Pvalue), color = Pathway), 
                hjust = 0) +
  coord_flip() + 
  scale_fill_viridis_c(option = "mako") +
  facet_grid(Pathway ~ .) +
  theme(strip.text.y = element_text(angle = 0)) +
  scale_color_manual(values = c('black', 'black', 'white', 'black'),
                     guide = 'none')

【讨论】：