从 biopython 中的序列中修剪和删除适配器答案

【问题标题】：trimming and removing adapter from sequences in biopython从 biopython 中的序列中修剪和删除适配器
【发布时间】：2022-12-01 03:14:44
【问题描述】：

我遇到了这个我无法解决的问题：用户有一个包含 5 个序列的输入 DNA.txt 文件。每个序列都以相同的 14 个碱基对片段开始——一个应该被移除的测序接头。编写一个程序，将 (a) 修剪这个适配器并将清理后的序列写入一个新文件，并且 (b) 打印每个序列的长度

我实际上是 biopython 的新手。我想过使用 Seq 模块中的 strip()，但我认为它行不通。

【问题讨论】：

请提供足够的代码，以便其他人可以更好地理解或重现问题。

标签： python biopython

【解决方案1】：

我想我明白了，虽然没有使用 biopython：

import io

file =io.StringIO('AAAAAAAAAAAAAATTTTT
AAAAAAAAAAAAAATTTTT
AAAAAAAAAAAAAATTTT
AAAAAAAAAAAAAATTTTT
AAAAAAAAAAAAAATTTTT
')

print('read file :')    
for i in file.readlines():
    print(i.strip(),'
')
file.seek(0)

newfile =io.StringIO()
for i in file.readlines():
    i = i.lstrip('AAAAAAAAAAAAAA')
    #print(i)
    newfile.write(i)
newfile.seek(0)

print('read newfile :')    
for i in newfile.readlines():
    print(i.strip() + ' lenght : ', len(i),'
')

输出：

read file :
AAAAAAAAAAAAAATTTTT 

AAAAAAAAAAAAAATTTTT 

AAAAAAAAAAAAAATTTT 

AAAAAAAAAAAAAATTTTT 

AAAAAAAAAAAAAATTTTT 

read newfile :
TTTTT lenght :  6 

TTTTT lenght :  6 

TTTT lenght :  5 

TTTTT lenght :  6 

TTTTT lenght :  6

如果你选择biopython路由，你应该能够按照手册在Seq对象上以相同的方式使用lstrip：https://biopython.org/docs/1.75/api/Bio.Seq.html#Bio.Seq.Seq.lstrip：

lstrip（自我，字符=无）

返回一个去除前导（左）端的新 Seq 对象。

这类似于同名的 python 字符串方法。

可选参数 chars 定义要删除的字符。如果省略或无（默认），那么对于 python 字符串方法，这默认为删除任何空格。

例如打印（my_seq.lstrip（“-”））

另请参阅 strip 和 rstrip 方法。

【讨论】：