与 p 值的多重 Pearson 相关答案

【问题标题】：Multiple Pearson Correlation with p-Values与 p 值的多重 Pearson 相关
【发布时间】：2022-11-27 13:37:26
【问题描述】：

我想计算几列之间的 Pearson 相关性。 JasonAizkalns 在this thread 中发布的解决方案对我很有用。

  df %>%
  select_if(is.numeric) %>%
  group_by(year) %>%
  group_map(~ correlate(.x))

现在我想知道两件事：

如何获得 p 值？
为什么有些相关系数用红色标记？我没有在文档中找到任何关于它的信息。这些已经是显着的相关性了吗？如果是，使用哪个显着性水平？
我正在寻找尽可能简单的扩展，而不必使用完全不同的方法。

感谢您的任何提示！

【问题讨论】：

标签： r dplyr multiple-columns p-value pearson-correlation

【解决方案1】：

如何获得 p 值？

correlate() 不提供此信息，因此您需要使用其他工具。 rstatix 包有一个函数，cor_test()，可以代替使用：

library(tibble)
library(dplyr)
library(rstatix)

df <- tribble(
  ~year, ~V1, ~V2, ~V3, ~misc_var,
  2018,   5,   6,   5,       "a",
  2018,   4,   6,   4,       "b",
  2018,   3,   2,   3,        NA,
  2013,   5,   8,   2,       "4",
  2013,   6,   3,   8,       "8",
  2013,   4,   7,   5,        NA
)

df %>%
  select(where(is.numeric)) %>%
  group_by(year) %>%
  group_map(~ cor_test(.x, vars = c("V1", "V2", "V3"),
                       vars2 = c("V1", "V2", "V3")) |> 
              filter(is.finite(statistic)))

[[1]]
# A tibble: 7 × 6
  var1  var2    cor    statistic             p method 
  <chr> <chr> <dbl>        <dbl>         <dbl> <chr>  
1 V1    V2    -0.76       -1.15  0.454         Pearson
2 V1    V3     0.5         0.577 0.667         Pearson
3 V2    V1    -0.76       -1.15  0.454         Pearson
4 V2    V2     1    67108864     0.00000000949 Pearson
5 V2    V3    -0.94       -2.89  0.212         Pearson
6 V3    V1     0.5         0.577 0.667         Pearson
7 V3    V2    -0.94       -2.89  0.212         Pearson

[[2]]
# A tibble: 4 × 6
  var1  var2    cor statistic     p method 
  <chr> <chr> <dbl>     <dbl> <dbl> <chr>  
1 V1    V2     0.87      1.73 0.333 Pearson
2 V2    V1     0.87      1.73 0.333 Pearson
3 V2    V3     0.87      1.73 0.333 Pearson
4 V3    V2     0.87      1.73 0.333 Pearson

为什么有些相关系数用红色标记？

默认情况下，tibbles 以红色显示负值或 NA 值，以使它们更容易被注意到。

【讨论】：