本体只用类而不是类实例构建答案

【问题标题】：Ontologies only built with classes and not class instances本体只用类而不是类实例构建
【发布时间】：2022-11-26 01:25:41
【问题描述】：

我想知道为什么公共生物医学本体通常以没有类实例而只有类的方式组织？我以所有实例都是类的方式理解它，但我不明白这种建模的优点或目的是什么？这些类也只有注解属性。例如 NCIT 本体：https://bioportal.bioontology.org/ontologies/NCIT/?p=summary。如果有人可以向我解释这种模型的目的是什么，以及类具有类实例的模型是否有优势，我将不胜感激。我绝对不是该领域的专家，我只是致力于使用类及其实例对“标准”本体进行建模。

【问题讨论】：

在您链接的本体中，他们说“巧克力”是“食物”的子类。这意味着“Chocolate”的每个实例也是“Food”的实例。如果不将“巧克力”和“食物”声明为类，您将如何表达这一点？在那种情况下，一个实例可能是，例如，一个特定的巧克力棒，它在同义词库中是不感兴趣的（并且，无论如何，跟踪所有这些实例是不可行的）。
szuszfol，你能否在你的问题中包含一个例子，你将如何使用实例对其进行建模？

标签： owl ontology semantic-web knowledge-graph

【解决方案1】：

TLDR

优先选择类而不是个体（或实例）的原因是类允许用于推断分类层次结构的复杂推理。

更长的答案

OWL 的语义允许您进行以下类型的语句：

ClassExpression1是ClassExpression2的subclass
PropertyExpression1 是 PropertyExpression2 的 subproperty
个人c1是Class1的一个实例
个人x通过property1与个人y相关
在这 4 个选项中，(1) far 允许最复杂的。直觉上它归结为每一个都允许你表达多少以及从这些陈述中得出推论的推理能力。为了直观地感受这一点，使用OWL Direct Semantics，我们可以看到什么 ClassExpression1 和 ClassExpression2 可以替换为：

使用个人无法实现这种表现力。

个人与阶级

在您的问题中，您说所有实例（个人）都是类。这不完全正确。相反，类由实例组成或实例属于类。从数学的角度来看，类是集合，个人是集合的成员。

生物医学本体中的注释

这些本体有大量 (80%-90%) 的注释。但是，它们确实有很多逻辑公理。例如，当您查看右侧的 http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C12392 时，您可以看到它，如果向下滚动到底部，您将看到列出的公理：

【讨论】：