仍然得到 \'gamma\' 族的非正值

Question

我正在用glmer分析百分比数据，我读到Gamma family应该适合这种数据。我检查了我的数据，没有低于 0 的值，但我仍然收到一条错误消息，说我有非正值。

  > summary(total_F$p.prcnt)
       Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
       0.00   50.00   75.00   68.56  100.00  100.00 

只需添加我使用的代码：

F_par1<- glmer(p.prcnt ~ b.element+distance+b.element*distance +year+sampling.round+(1|LS1),  
                   family = Gamma, 
                   data=total_F)

我有哪些选择？我尝试将 Excel 中的数据修改为成比例并使用二项式，但如果可能的话，我更愿意使用 Gamma。

Answer 1

似乎零也被认为是非正数。这里有一个例子，lme4 附带的cbpp 数据集。

library(lme4)

table(cbpp$incidence)
#  0  1  2  3  4  5  8 11 12 
# 22 13  9  5  1  2  2  1  1 

正如我们所见，DV 中有零，

glmer(incidence ~ period + (1 | herd), data=cbpp, family=Gamma)
# Error in eval(family$initialize, rho) : 
#   non-positive values not allowed for the 'Gamma' family

这导致了错误。没有错误，如果我们排除零：

glmer(incidence ~ period + (1 | herd), data=cbpp[cbpp$incidence != 0, ], family=Gamma)
# Generalized linear mixed model fit by maximum likelihood (Laplace Approximation) ['glmerMod']
#  Family: Gamma  ( inverse )
# Formula: incidence ~ period + (1 | herd)
#    Data: cbpp[cbpp$incidence != 0, ]
#      AIC      BIC   logLik deviance df.resid 
# 121.5891 130.7473 -54.7946 109.5891       28 
# Random effects:
#   Groups   Name        Std.Dev.
#     herd     (Intercept) 0.1714  
#     Residual             0.5186  
# Number of obs: 34, groups:  herd, 15
# Fixed Effects:
# Intercept)      period2      period3      period4  
#     0.3891       0.2251       0.1487       0.4620