使用 Docker 安装 QIIME2

Question

谁能帮我弄清楚为什么我的C盘需要大约20G才能通过Docker安装QIIME2？ 谢谢！

安装QIIME2之前，我的C盘有30GB，安装后只剩下8GB。

Answer 1

这个问题的简短回答是：QIIME2 相当大。但我相信你已经知道了，所以让我们深入了解细节。

首先，未压缩的 QIIME 图像大约为 12GB。 （这提出了一个问题，即如果您总共丢失了 20GB，那么其他 8GB 去了哪里。我对此没有答案。）

使用名为 dive 的工具，我可以浏览 QIIME 图像，并查看磁盘空间的去向。日志中有一个突出的条目：

5.9 GB  |1 QIIME2_RELEASE=2022.8 /bin/sh -c chmod -R a+rwx /opt/conda 

作为参考，chmod 命令是一个更改目录权限的命令，而不更改目录本身。然而，此命令负责图像的一半大小。事实证明，由于 docker 内部的工作方式。如果图层更改了文件的元数据或权限，则必须将原始文件重新包含到图层中。 More information

剩余的是 6GB，这主要来自 QIIME 安装其所有依赖项的步骤。对于用 conda 打包的项目来说，这是相当合理的。

总而言之，它是三个因素的交集：

1. 与等效的 pip 包相比，Conda 非常占用空间。
2. QIIME 有很多功能和依赖项。
3. 每个依赖项都包含两次。