每个站点缺少数据

Question

我想计算我的 vcf 文件中每个站点的丢失数据的统计信息。

使用 vcftools --missing-site 会为多个站点提供错误的统计信息。

有没有其他计算方法？

谢谢！

Answer 1

使用plink --missing，您可以从 vcf 文件中计算每个个体或每个变体的缺失。