用热图中的值绘制 jaccard 索引答案

【问题标题】：Plotting jaccard index with values inside the heatmap用热图中的值绘制 jaccard 索引
【发布时间】：2022-11-02 13:29:03
【问题描述】：

我试图计算和绘制相同的jaccard指数

我的虚拟数据和代码

df <- data.frame(tumor_type = c("tumor1", "tumor1", "tumor1", "tumor2", "tumor2", "tumor3", "tumor4", "tumor4"), genes = c("geneA", "geneB", "geneC", "geneA", "geneD", "geneD", "geneA", "geneD"))

D1 <- vegdist(unclass(table(df$tumor_type,df$genes)), method = "jaccard")

pheatmap(1-as.matrix(D1))

我明白了

对于我的实际数据，我尝试了一个在线工具，我得到了这个

我的目标是获得相似的结果，例如显示每个子类型中存在的元素及其 jacard 分数

【问题讨论】：

标签： r pheatmap

【解决方案1】：

您可以通过在pheatmap() 中使用display_numbers = ... 参数来添加值。

pheatmap(1-as.matrix(D1), display_numbers = 1-as.matrix(D1))

【讨论】：