Rosalind - 共识和简介 - 答案格式问题答案

【问题标题】：Rosalind - Consensus and Profile - Issue with answer formattingRosalind - 共识和简介 - 答案格式问题
【发布时间】：2022-10-07 23:01:18
【问题描述】：

我正在研究 Rosalind 上的共识和简介问题，而且我非常接近完成它。我的答案是正确的，我有正确的共识字符串和正确的矩阵，但是我在为答案格式化我的数据时遇到了问题。 Rosalind 期望答案如下所示：

ATGCAACT
A: 5 1 0 0 5 5 0 0
C: 0 0 1 4 2 0 6 1
G: 1 1 6 3 0 1 0 0
T: 1 5 0 0 0 1 1 6

我的原始输出如下所示：

{'A': [5, 3, 3, 3, 1, 4, 2, 1, 3, 5, 2, 2, 2, 3, 1, 3, 2, 2, 2, 4, 4, 4, 1, 2, 1, 3, 1, 2, 1, 2, 2, 3, 2, 1, 3, 5, 3, 4, 2, 2, 2, 3, 3, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 4, 3, 5, 2, 4, 3, 1, 2, 2, 2, 3], 'C': [2, 1, 3, 2, 1, 2, 2, 1, 3, 2, 1, 2, 3, 2, 6, 3, 4, 1, 2, 0, 3, 2, 4, 2, 1, 3, 3, 3, 6, 2, 2, 1, 5, 5, 3, 0, 1, 1, 2, 3, 3, 5, 3, 2, 1, 2, 3, 5, 0, 2, 3, 2, 3, 2, 5, 3, 4, 3, 2, 4], 'G': [1, 3, 2, 4, 3, 2, 1, 3, 3, 0, 5, 3, 3, 2, 1, 2, 1, 5, 3, 2, 2, 2, 2, 4, 6, 3, 2, 3, 2, 3, 1, 3, 0, 2, 0, 3, 3, 3, 4, 2, 2, 2, 1, 3, 5, 2, 1, 0, 2, 1, 2, 1, 4, 2, 2, 3, 2, 0, 4, 2], 'T': [2, 3, 2, 1, 5, 2, 5, 5, 1, 3, 2, 3, 2, 3, 2, 2, 3, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 2, 2, 1, 4, 2, 1, 3, 5, 3, 3, 2, 4, 2, 3, 2, 2, 3, 3, 0, 3, 3, 4, 6, 5, 3, 6, 3, 2, 2, 1, 2, 0, 3, 2, 5, 2, 1]}

通过一些简单的编辑，我将其提交为：

'A': [5, 3, 3, 3, 1, 4, 2, 1, 3, 5, 2, 2, 2, 3, 1, 3, 2, 2, 2, 4, 4, 4, 1, 2, 1, 3, 1, 2, 1, 2, 2, 3, 2, 1, 3, 5, 3, 4, 2, 2, 2, 3, 3, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 4, 3, 5, 2, 4, 3, 1, 2, 2, 2, 3]
'C': [2, 1, 3, 2, 1, 2, 2, 1, 3, 2, 1, 2, 3, 2, 6, 3, 4, 1, 2, 0, 3, 2, 4, 2, 1, 3, 3, 3, 6, 2, 2, 1, 5, 5, 3, 0, 1, 1, 2, 3, 3, 5, 3, 2, 1, 2, 3, 5, 0, 2, 3, 2, 3, 2, 5, 3, 4, 3, 2, 4]
'G': [1, 3, 2, 4, 3, 2, 1, 3, 3, 0, 5, 3, 3, 2, 1, 2, 1, 5, 3, 2, 2, 2, 2, 4, 6, 3, 2, 3, 2, 3, 1, 3, 0, 2, 0, 3, 3, 3, 4, 2, 2, 2, 1, 3, 5, 2, 1, 0, 2, 1, 2, 1, 4, 2, 2, 3, 2, 0, 4, 2]
'T': [2, 3, 2, 1, 5, 2, 5, 5, 1, 3, 2, 3, 2, 3, 2, 2, 3, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 2, 2, 1, 4, 2, 1, 3, 5, 3, 3, 2, 4, 2, 3, 2, 2, 3, 3, 0, 3, 3, 4, 6, 5, 3, 6, 3, 2, 2, 1, 2, 0, 3, 2, 5, 2, 1]

但是编辑仍然无关紧要，因为公制 f**k 吨的逗号和括号也需要手动删除，特别是考虑到您只有 5 分钟提交答案的事实 - 我已经尝试过而且我发现在五分钟的窗口中手动格式化我的答案是不可能的。

我想知道是否有人知道一些可以帮助我克服这个障碍的提示、技巧或解决方案。我见过其他一些解决方案，但它们本质上要求我采用不同的逻辑方法，这让我很生气，因为我花了很多时间思考这个答案，并且还创建了自己的函数来从头开始管理 FASTA 文件格式。

这是我的源代码：

data = open('/Users/danielpintard/Downloads/rosalind_cons (1).txt', 'r').read()

if '>' in data :
    data_array = data.split('>')
    for i in data_array:
        if i == '':
             data_array.remove(i)
    for i in data_array: data_array[data_array.index(i)] = i.split('\n', 2)
    
    
#create profile

prof_sequences = []

for i in data_array:
    data_array[data_array.index(i)] = i[1]
    prof_sequences.append(i[1])
    
n = len(prof_sequences[0])
 
profile_matrix = {
    'A': [0]*n,
    'C': [0]*n,
    'G': [0]*n,
    'T': [0]*n,
    }

for dna in prof_sequences:
    for position, nucleotide in enumerate(dna):
        profile_matrix[nucleotide][position] += 1

result = []
#still having a hard time understanding this block of code  
for position in range(n):
    max_count = 0
    max_nucleotide = None
    for nucleotide in profile_matrix:
        if profile_matrix[nucleotide][position] > max_count:
            max_count = profile_matrix[nucleotide][position]
            max_nucleotide = nucleotide
    result.append(max_nucleotide)
    
print(profile_matrix)
print(result)

这是数据：

>Rosalind_7283
TATTCATTGATCATATGAAGCCTTGCGACCTGCCCGGTTCTGAAGTCAGCTAGCACATTA
GTGTCAAGGTATTAGTGTAGTTGCTGACTCGAACGTGTGTTAATATTCATGTAGGGGTCT
GGCGACCCAATAGGCGCGTGGTGTACCGAATTGTGCACACACACGTGTATTTCGAACGCA
AGATGCAGCCGAATCAGACCGTAGTAAACCGTTTGAGTGGCGTTTTGGCGTGAGAAGGCT
TAGGTGTTACAAGTGCAGCGCGGGTGCATTTTCTCCGGCTTGGAGCAATAGTCCCTATGC
ATCGGCCCCGTATATGAGGATCGCATTACGCAACATCGTAAGCCTTGCACATCTGGCAAA
TGCACGGCTCTCATTATAGTTGCCAAAAATCAGCCCTACCACACGTAATATTCAAGGCTG
TGCTTGTCCAACTAGTTGGCGAATGATCCTCCAAGATTGCGGCGGGGTATAATCCCGCAC
GTCCGAATACCAATGTTCGAGTGCGGCACTACCAAGATGCGAGTCGGCGTGATATCGAGG
TTCACATAGGGGACGTTTATGTCCTTTGGATGTCTCGCCAACTCCATTCTATCATTAGGT
TGGCGGTCAGCAGGATGGAGCATAGTCATGAGCTTGAGTACTGTGCGGCTCGGAAGAGGG
GCCGTATGGGTCTTCGGACAAACGTAGGTATTACAGGCCAAAAACGCTCAGAAAAAACGC
TATCTTAATGACCATTTGATAAACGTTCCCTTGCCGATTTAGAGTGACTTAGTGCAATGT
TGCGATTTCTACTACACTCAAGCTGTGTTAGGGATAATCCATAGCACAGGCCCGCTCGCC
CGTGCCCTGCCTTGCACGACAGGGCTAAGCGGCTCAAGAAGTTTCTACGCAACGTACCAC
GACCAGCTGGACCTACCGATAGACTTACCATATTCTAAGAATAAAACGGACCCTTATGTG
AGTGAGCGCAAGCAATATGGTTTGCCCGTTTGC
>Rosalind_6559
TGCGGCCTATGTGACGCTCAACCCGGGACGCACATGAGTACATCTTTCTTCAACGTCCGC
GAACACAGCCCAATTCGATTAATTGCCACGATTGTGTGGCACGCACTTACTGAAACCGGT
GGTGATAGGCATAGGTTTAGACCAGGGCTCGGGACAGCTGGTCTAGGTCGTGACTAATCA
ATGGTTTAAATGATGCACCCTTGTATCGGTATGCCTGTGTTTATCAGGAATGCCCATACA
TTTTGAGAAACGCTTATGGTTATTACACAAGCGAGGGAAGCGAGCTAGCGGCGTCCGAGA
ACTATAAAGGCAATCCTGACATGACGAGCGCAGAATCACCCCCTGAATCCCGGTTACGAT
ATGGGCCATTCGGGGAGCAAACGGCTGACTCTTCGGTAAAGTAATTTGCCAGGAACATTG
ATATATGCGCTGACCCTATTGATTATCCAACAAATACTACATTCAGCCCCAGGTCCCACG
TTAGGCGTAAGTTAAGAATTTATGTACGCAATCGCCAATATCCGCAAGACGTCCCCGCTG
ACAGTGAGGCTTAGTGGCGCCGATGGTATTCAGAAATGGAGCGCTCCTCTGTTGCACTCG
GCTCGTCAACCTTCTTGCTATTAACATATAAGAGTGAATGGGTGAGGTAGTAAACGTAAT
TGCCAAGATCGATAGAAGTGTTGGACGGAACATTGGAGCAAGGAACGCCGCTGAGCCAGG
GGACTAATGCCAGAGTGGAACCTGGTGGGAATTAAACACTTGTATACGTTGACAAGCTGA
GACATTCTAAAACACGTAATATAACATGCATCCACTAATGGATTCCCTTTCGCCTCTTGG
CTGGGATACATTTGCGCTTGGGAGCAGGAGATAGGGAGTCAAGGTGACATTGTGGGAATT
CACAAAGCTTCCTATCTAATGTTAGTACTTTAGCCACGGGTTAACCAGGACTGTTCTATA
GTTCCAACTCTCCATTATCCAAAACAAGCAGCA
>Rosalind_3098
GGCATAGGGACGCCGATGTAAGGAAATCCTCTAGTTTGAGCCCGGTGCTTACCGCAGTCC
TCGGCTTTCGTTCTGTTACAGACGTCCTAGGACTCAGTCGCCACCTACGCGGGGTGCATT
AGTCAGGTCCGAAGCCTCTATAGCGCTTTTTAGGAATGGAGCGTTTAAACGAGCCTGCGT
ATATTCGCTACCAAATCTCAGGGGCGGCTCAGATACAACGGGGTTCATCAGTTTGGATAT
CAGTGTTCGCTGGGTAAGTCTGACTCCGGCTCACAGATAGTTAGAAGGTCGCACATGATG
ATTACAACTTCTGCCGCTGACTTGGGAGTCTAGCGCTTGTCACAGACGCGCTAATGCGGC
ACATCTATTTCATAAAAGTACAAGCAATATGCCGCGAGGCCCCGTCGTATTTGATTCGAA
GGATTTAACTCATAACGCGGCCCTCAGCAGCTGCGGGCGTACGGAAGCCTCAACTTTGCG
ATTCTGTCGCACCTGCCTAGCTTAAGGAACCCCGATGCCGGTATCCACCGGACGTTTCGA
TTGCAAGATCTTGGCATGCCGCTACCTGTTGGAATTCAGTTATTAGTCCTACTCAGGAGG
GATAGCCGAACGGCACAAAGGCTTCGTTTGACAAGCACAGATGCATCTACTTAACTCGAT
AGCCTCAAAGAGTGTTTGCTCCGAGAGGGCCATCAGAGTAACTACCACGGCAAGAAGCGC
CTTCTTCCATGGCACACTCAAAAAGGTCATCTGAAGAGCCCATTTTTACCCACGGGATCC
CGCCACTAGACTCGTCACACTAAAACATAGAAGCAAGGCTGTAAGCGTACTCGGGTGTCC
CTAGCTACTTGACCCTGCGCTTTGATTTTCACCCAATCCAGCGCGTTAGCCAAACACCGG
CTCATGTGCGAGACACCTCTTGGACGGTACGAATACGCTTACTCCCACTCAGAACTGCTA
TCCGTGGGGTCCGTGGGGAGCCGGCGCAAAGAA
>Rosalind_2635
AACCTAAGCCACCTCGCGGTGTAACGCGCATCTGCAATCATCAGTTTCAGTCGGCGCAGC
GGAGCCCGGACAGCCTGTGCCGTACAAACCTGAAGCTGCTTACCTCGATTCATGCCAGGT
ATGAAGTATTCCGACGCTAATATCCTTTGGAATGGTTGCCAAGTCTCTACCAGCTACTCC
CATGACCGCATGACATATTCGACACGGTCTCTGAATGAGGTACGGTATTGCTTTCATTCT
AGTACGTTGCCCGACCTATGTACATCCGTCAACCACGGGGTGATCATACCTAAATTTGAA
TTAAAAAGTAGCGGAGCTACCGGACTGGTAGACTCCTCATCGCTCGGTTCAGTAGAAGGG
CTGGCCCTTTTCCTATCACTGTCCGTCCATTTCGTGTGTTTTAGGTGGTTTAGATATACC
TCTCATCGAAGAGTTGACCGTGTGATTAAATGAACGAACATTAAAGAGCGTGTGTTTAAA
TGCACGCAACACTAAAGGTGGAACATGGCGGTCGCCGTTATCGCATGGGTCTACTTGATC
GAAACTCAAGAGCATTGCAGACACAGGGACCCGTCAGGGTTTGTAAGCTGCGCGCTAATA
GTGCAACGTCCTAGGGTCGACTCCATGACGTAATGCAACTCTGGTTGACAATTCGTGAAG
TCGGAGTAAAGCTCCTGGCGCGCTGCACCCCCGGCTTCACCGTAGTTCCTACATTCTCGG
TCTAGTCGTGTGGGAATCACATCTGCTCCGAGGGTAAGGGGATTGGCATATAATGTGAGG
TAGCCGGCTAGGCGTATTAGCAACATCGTTGTCTATTGACTTGGAAGTTCTCTGTAGGAC
GTCGTCAGTCGGTAATCGCTGGTTTTAACTAAGGAGACACTGCTGGCACCGATGGCCGGG
GAGACCATTATGTATTCGGAGTGCCTCCGTTGTGGTGAATAACCAGGACTAATGAGGCCA
ACATAATACTAGACGTATACTATTTAGTGCGCT
>Rosalind_6087
ATTCGATGAATTTCCTCGATAGCGGCTCCGATTTAACACTACCTTGCCTTGACTCTCTAC
ACAGTAAGTACCCCCCGCAACTGGGGGACATTTTAGTGGCCCTTTGCGGAGTAGGGGTGT
TAGGTGTCGGCGTAAAGCGGATTCGATCAAACCCTGATCATCGGCTGAAATGGCCTCGAC
GGTGCTACTCTCAGTGACCTGCTGTTCCCGTAGCCTTTTAATACTCAATCCCTCGATCCG
CTATTCGACCAATCTCGAACTTGAATTCGGTGCGAATGAAACTCCAGTACGGTATGGCTT
GGACCGACGACGGAAGGAACTGCAACGTACCGACTTAATTTGGCTTCAATTCCTACCGAG
CATCATGCGGAAGCTACGCAATTGGATCTCAACAACCCCAAGAGACATTATAGTAGGACA
CACTTTATGGGATGCCGGGGACGGCATCTTCTGCAGGTTGGGAGGGCATCTTGCCTAGGT
GCCAACCTTCGGACGCTCAATGCTCTTACGGTCGGCAGGCTGTTCACGGAGGGCCTTATT
GGAAAAAGGTTATTTCACAAACGTTAAGTCCCTCAGATGACGTCTTGCGTCTCGCCAAGC
CTTTCTAGCTCCCGTCCAGGGCTTGAGCTTTCTTGACACGATAGCTTCCACGTTGACTCT
GAAAATCTCGAAAAACCGAAGGGGAGAGATGCGTCTTGGATCGTCCATAATGCTTCAGAC
GCTTCTAGCCTACCAGGTTGGTTAACAAGTTAATCCGCTAACTTATTGGCGCGTGAGCGA
CAGGACCGCGTCAGACTCATAGATACAGGGCTCATGGGGGCTATGTGTCTAATATGATCG
GCGACAAAGAGTTATGTAATGGCTTGGCTAGGAGACATAAAGGGGGACTTGATAGCGTTT
ACGAGCCTGTTCGGCCTCCCAAAGTTAACTAGATGAGACAGGATGTGCCCCGACACCCAC
GACTTCGTAAGGTAGAATAACGGACATAAGTCC
>Rosalind_4481
AAGGTGCTCAGAGACCTCGTTATGGATTGGTAACTATAGCAATTGCTTAAATCACGTTGT
TCAAATTTTGGGAACTGAATATGCTTCGGGCAATAGTATGAGTAGTCTAAATTGGGGAGT
GTAAGTGCGATTGGACACCACAAAGACAGGTAGTGAATGGGAGAGATTTGTTTGTAGCGC
GTTCGTGCGCGGGACGAGAAATGAATATCCTATTATCTGAAACCCGCCGCTGGGGCTGTA
GCGCCAAGAGCTTTCAGCGGGAGCTCCATGCGTGGAATCTTGCATCTACAATCACATATT
GGTAAGTAGCAACACTGACTGCAAGTACCACTCCCAGGAGAAGACTAGCCATTCAGTGTC
GCCGCTCACAAAGGGCGTAAAATGACATTCATGACGGCTAGCAGCGGACCACGATCCGTG
GCTCGCCGACACTCGGAACCATTCTTGTCTAATAGCTCAGCCCCAGGCTTTTCAACAGGG
GGCGACGCGACGAGCCTAATCGTTACGGATAAGGAGTGCGCACTAACTCGTCATCGGGGA
TAGACCAATTCTTGGAAAAGCAATCCTTAATATGATAGCTACTTGATGCATCTGTCGGCC
GGGGGACTGGACTGTCCTGAAATTGCTTAGGACTATATTTGAGCTTCCACTCCCACCCAG
GGGTGAGCAGATCCTGCCAAACGCGTATCCACTTAGATAAGCTCTTTAGCAAGGGGGCAG
CCTTTTTTCATCATGGTCTGCATTCGTGACTGAAATAATTCATCTCCACTGTACGTTACC
ATACCCTGACCACAATTTTTCCCAATGGGGTCATGCAAACGTACACACGTTTTGCGGCTG
GCTGAATTGCCGACTCATTTGTCCCGTATGCTAGCCCTGCTTGGATTCATAATTGTCTCG
CTCCGGACGTATTCGGGCCTGTGACAATCTTCCCACCTCATAGAACGCCCCAGAATACTC
GTTTTGCTGATGTCGCAGAACATTCTCCTCAGA
>Rosalind_0954
CTAATCTTGCGAATCAATCACAGGTGCGTTGATCCAGAGTCGTAGTTTTACAGTATGCAA
TGTATATTCTTTCTGATGGGACGAGTTTGCATGCAGTAGTTGGGTACTATGCCAGTGCGA
GACCGTCCCTCACCTAAATGCTATGCAGGGTTTCTCTACGATCAAATAGTCAAGTTGCTC
AGCCTCATCACATTGTGAATCACGGACAGACTGTAATTGTCAGCGTGTTCTCTAGGCAAA
TCGCCTTCCTTCTATCGACCTCCTTAGGTCCCCGTGAGGATCTCCTTATCCTGAAAAGTA
CAATCGGATACTTAGATTCTTCGCTCACTCTAATAGGTGGCTATACAGAAGTTTTATGGA
TAAGGGGTGTACGAAATCTTCGAGGGTGTATACCGCTGCTAGAACTCCATACATGATAAC
AACCAATCCTTAGCTAGTATACGAGGGATATGATAACGTTCCACCACCTCTTAAACTTTT
AAATTTGATCGCGGGTGGCCGTCGAAGTGTACGTATGAGATTGGGGCGGTTGTAGTTGCC
AGTGAAAGGCATATGCGGATGGCCTTTGGGTCCTGGTCATTCTTTCTCGCAGGTCGAGCC
AGTGCCTCAAATGAAATTTTCTCCTTAGCAACGACTCCTTAGTTAGAGAAACCAATCCCC
CCATGCCTGCGGATCGTGGTCAGCATGACGTCTGGTTGAACCCTTAGCTGAACAGATGGC
GTATTGCCGTACGAGGGGACCTTATAGGCGGCCTACCACACCAGACGAAGAGTCCGAAGG
TACGCCAAACGCATATTCAGGACGTAAGTGGGAGGACCCTGAGCCTCATTGCCGACTGAA
GGTGAATCGCTGGCCCACTGCTAGTTCCTCCCTTCGCTAATGGTCACGGGAATATCGCCA
CCTCGTCGATGACGCTCGATTAGACCTGTAGGAACACAACATACTAGGTGGACACGGGAC
ACCGATTTACCCACGCCGGACAGTCGTTCTTAT
>Rosalind_3750
ACAGTGTCATGGGATCTGGAGACGTATCCAAGCTAAACGCGCGTTCTATACAGACGTCGA
AACACGGGGGGCGAACTGCTTTAGCGACATGCTCTTACTGAAGTCTAGACGCTAAGGGCT
TTAGACAGCGAATAGTGGTTGATAGGTATTGAGCCATCCGTGTAGAGCGTTAGAAGGCCA
CGGCTTACTTGGTTAAAAGCTGATTTGGGCGGTTACATTCTGGGGTTTAAATACTATCGA
GTATCGATGCTTTTCTATGTATTGAAGACTGGTAAGCTTTCCCCGACCAGGTCGCGCCAT
CGTACCTTCTGGGGAAACTAATGCGGCTGAGTCGGCGACTTCAGGATGTCCCGATACACG
CAGCGTCACAGGTAAACTCGCCTTATAACGCGTCCCCGTCGATAAGGCCGACCCTTTCAG
ATGCGCGGTGCTCCTTCGATTGTTGACGACGCCATCCGAGGTCCAGACGTCTGAGGCCAC
GTGATCGGCCCCCTGTTACTGAGAAGCAGATTACCCCTAAGAATCGTCCGTCGCCTAGTA
GTTGCCGCAACCGACGATACTTCTCCAACATAATCTAGCGTATTTATCAAAGCGTCGTCG
TATCTAGCCTTACGGACGTAATACGAATACCCCCTGCTCAGTGGGCATGTAATACGCCAA
CCAAAAACACGCCAGTTACGAGGAGTGGCACTGCTATAAACCTAGATGAGATCGCTGATG
CCACGAGGAACCTTAGTTGAGTCCGCTGAACCCGCCAGTTGGCTTTGCAGGTCCGCGTTG
TTACTATGACTAAAATATATGATGGATACGCGGACCACTCCTACAGATGCTAAAAGTCAA
ACCGGCACCTATTAGATTTTTAACGGTGCACTTCTAACCGACATAGCCCGCGACCAGGGG
TGAAATTGCATTACATACGATATGATCGCTCCCAGGTCAATGACCACTTGACCTGTGAGT
TTGCTTATTAAGGTGGCTTTAGGCAGCGTAAGC
>Rosalind_9350
ATGAATTTTTAGCGCAAATGAACCGCCTGCTTCCATTAAGTCCCCGCTGCAGAAACCTCG
TTTGTATTCAGAAAGTTCACCTGACAACGGGGCATAGGGTAAATAGATGCTATGTAAATC
TTAGGGCTTACGCGGCGACTTTGACTTTTTCAGCGAACAGAGGCGAAGGCGACCAGCGTC
ATAGGTCTTCATACCGAAACAACAGGGGAGCATGGCCAATCACTGTCACTAACTCACGGG
ACTCCGCCTTGCTCGCCGGTGCCATATCGTACTGACGTAACTCATTGAATTCCATAGAAC
TTGGTTTAGGCCACCTCCGCCGAAACCCGTGGTGGTAAGTCAAGCGAGGACACCGGAAAT
TCCGACCCCGGTTCCCAACACAGGGCTATTCATCACATTTGGTGTACGTATTGATCCTTA
ATTGCCAGAGTCCTACTCGTTGATGTACGATCCACTTAAGTAAGGTCGGGCGTTCTACCG
CGCGGCGCATACCGGACATTATAGCTTAGGCCCCCCAGCTCTATTGTTATTACTATATCC
CTAATTCTAGAAGGGAAATTGTAAGATCAATTCCCGGCAGGTGGGCAGGAACAGACGTCG
AGCACCATTCGTAGTAAAGGTCTTTCTCGGTGTGTAGCGTTGACAAATCTGCAACCCAAC
CTTGTACTCTTCGCTGAACAATAGGTGCATTTCAAGACCGAGCTTGGCGCTGTTTCCTGA
CTGCAGCATGGGCAAAATTCTCGTAGGCAAGTGATCAATTAGCGGAACGCATTGGAAAAA
TTTGTTGGCACAATCCGGCACAGGTACTGATACCCCTCGATGTCGCAGTGCCGAGTCACC
CATCGCATGATCTGAGGTTGGTGCTGCCAGCGCTCTCCGAACAGGAGTCGTAGTTGCACT
CATGGCCGCTTTACGACGGGAGAAACTTACAGTAGCCTTGTAACAACTTTGTAAATCGTT
CATGGACTATCGTGAGGCAGACTTCTATTGTCC
>Rosalind_6074
CGAGGTAACAGTTGTCCGTTCTTTGTAGATTGCCTGGGGTGAAGGTACTAGTTAGCAATG
ATCAGAAGAAAATAGAGCCAGCCGGACTCTCGGGGCGGTACCAGGGTCGAGGAATCTGGG
TAAGTTTCCTATGTGATGAACAGGGTTTTCGATGGTAACGATGTGAACGACCCTGGGTCG
GGTTCAGCCCTCCTAACGAAACACGTGCTTCAGAAAAATAGTTGCAACCTGTTGTTGTCA
ACCTAGTCCTATAGAGTATGTTACTCGGCTATACTCAGGACCTATCCAGACCGCCACTCT
TTCTCTGTGTTAAAACCCCACCATATAAGATCCGTCCTCCCTTTTCACCGCCTTTACAGC
AGGGAGCCGTTGAGCAGGGCCAATGACGCCAAGACTTTACTAAAGTGACTGGTAGGTTCA
TTCTACCTATCCCTTTGCGTATTGATGTTTAGTCTGGTTTCAGGTACAGGTAAACCAGGT
GGCTGGTGCCATACTCGCTAAACAAATGTGGGGGCGCGAAAGATCTGGTGCAGGTTGACT
ACGATTTTATAGAGCAGTACACCGTGCTAGTCAGCATGAGTGGAGACACCTGAAATAAGT
GACGAGGTTGTCCAATGTATAGGACGACAGTTGCAGGGTGCACTGCAACAGAGTTATAAC
CATTACGTTGACTTAACACATGATTGTTAAAATGCTTCGACCCAAGACTCGGCGGGTCAA
AGTAAACCATTACGCGCGGGTGTCTGTAGCTACGGGTCAGCAGGGACCTAGCTATTACGA
GATAGGAAGGCCCACGTACCTAGGGGTCCCTTTTTCGGGTCTTTACCTGGTCAGCGAAGC
CCCGAAACGTGAACTCCAGTGATAACAGGTTAACGGCTTCTGGTGACGACTCTATCGAGT
TGTCAATGTAGCTTACAGGTACTATCGGGAATAATGTCGGGGGTGAACGTTGCGGTTTAA
AGTGGCTCAGCAAGCATATACACCTAGGTTGCG

【问题讨论】：

所以您的问题是如何将[5, 3, 3, 3, 1, 4,] 之类的列表打印为5 3 3 3 1 4？
这回答了你的问题了吗？ How do I convert a list into a string with spaces in Python?
老实说，是的，这可能会有所帮助，我会尝试一下，看看它是否适合我的问题。非常感谢你的帮助。
不幸的是，该方法不起作用，因为profile_matrix 是一本字典。我尝试使用profile_matix.items() 隔离这些项目，但这也不起作用。它只会加入键，但值将保留为列表。
当然，您必须将其分别应用于字典中的每个列表。

标签： python bioinformatics rosalind

【解决方案1】：

尝试使用格式字符串：

f'{expression}'

str.join()

dict.items()

代码：

d = {'A': [5, 3, 3, 3, 1, 4, 2, 1, 2, 3], 'C': [2, 1, 3, 2, 1, 2, 2, 1, 3, 3], 'G': [1, 3, 2, 4, 3, 2, 1, 3, 3, 0], 'T': [2, 3, 2, 1, 5, 2, 5, 5, 1, 3]}

for k, v in d.items():             #loop over your output 
  g = " ".join(str(v) for v in v)  #join list values  
  print(f'{k:}: {g:2}')            #format text

结果：

A: 5 3 3 3 1 4 2 1 2 3
C: 2 1 3 2 1 2 2 1 3 3
G: 1 3 2 4 3 2 1 3 3 0
T: 2 3 2 1 5 2 5 5 1 3

【讨论】：