将多个 PDB 文件拆分为链并另存为单独的文件答案

【问题标题】：Splitting several PDB files into chains and save as separate files将多个 PDB 文件拆分为链并另存为单独的文件
【发布时间】：2022-10-07 00:01:27
【问题描述】：

我正在尝试使用 Biopython 拆分大量 pdb 文件，然后将它们保存为名为 pdbid_chain.pdb 的单独文件。到目前为止，我没有成功。另外，我对python很陌生。

非常感谢任何帮助！

这是我的代码：

#pdb_list contains a list of 208 pdb structures 

io = PDBIO()
     
#parse structures
for f in pdb_list:
    pdb_parsed = PDBParser().get_structure(pdb_ids, str(PDB_RAW_DIR) + \'/\' + f)
    
#save chains
for structure in pdb_parsed:
        pdb_chains = structure.get_chains()
        for chain in pdb_chains:
            io.set_structure(chain)
            io.save(pdb_parsed.get_id() + \"_\" + chain.get_id() + \".pdb\")

干杯!

请澄清您的具体问题或提供其他详细信息以准确突出您的需求。正如它目前所写的那样，很难准确地说出你在问什么。

标签： python biopython pdb

【解决方案1】：

一种简单的解决方案是使用 MDAnalysis 并使用选择代数来选择不同的链。

这是一个简单的例子。 complex.pdb 包含两条链 A 和 I。创建了两个新的 pdb 文件，其中的链是分开的。

import MDAnalysis

# Import the pdb file as universe
u = MDAnalysis.Universe('complex.pdb')

# select chain A as receptor
receptor = u.select_atoms("chainID A")

# select chain I as ligand
ligand = u.select_atoms("chainID I")

# Save separated files as pdb
receptor.write("receptor.pdb")
ligand.write("ligand.pdb")

【讨论】：