【问题标题】:How do I access Anaconda environment from R reticulate if it is in my WSL home directory?如果它位于我的 WSL 主目录中,如何从 R reticulate 访问 Anaconda 环境?
【发布时间】:2022-10-02 03:39:40
【问题描述】:

我有一个可用的 anaconda 发行版(可以安装 conda 环境/包并在 Python 中使用它们)。现在我正在尝试使用 reticulate 库在 Rstudio 中使用 anaconda 环境,但它似乎无法找到我的 anaconda 环境。我使用适用于 Linux 的 Windows 子系统 (WSL)。

以下是我在 WSL 中查看环境时发生的情况:

conda env list

conda 环境:#base /home/osgrinds/mnt/c/Users/Owner/anaconda3

emcee_env
/home/osgrinds/mnt/c/Users/Owner/anaconda3/envs/emcee_env
py_conda_test
/home/osgrinds/mnt/c/Users/Owner/anaconda3/envs/py_conda_test
pymc3Env
/home/osgrinds/mnt/c/Users/Owner/anaconda3/envs/pymc3Env
pymc3_env
/home/osgrinds/mnt/c/Users/Owner/anaconda3/envs/pymc3_env
pymc_env
/home/osgrinds/mnt/c/Users/Owner/anaconda3/envs/pymc_env

现在,当我尝试在 R 中使用 reticulate (以及在 R 降价文件中)查看这些环境时:

library(reticulate)
myenvs=conda_list()
print(myenvs)
      name                                                                       python 1            3                               

C:\\Users\\Owner\\.julia\\conda\\3/python.exe 2 mcmcEnv
C:\\Users\\Owner\\.julia\\conda\\3\\envs\\mcmcEnv/python.exe 3
根据
C:\\Users\\Owner\\AppData\\Local\\r-miniconda/python.exe 4 r-网状 C:\\Users\\Owner\\AppData\\Local\\r-miniconda\\envs\\r-reticulate/python.exe 5 PyMOL2
C:\\Users\\Owner\\Schrodinger\\PyMOL2/python.exe

如您所见,我的 conda 环境都不存在。另外,我尝试指定要与此命令一起使用的 conda:

use_condaenv(\"pymc_env\")

use_condaenv(\"pymc_env\") 中的错误:无法找到 conda 环境\'pymc_env\'。

但它找不到它。而且我也无法指定路径,因为它位于我的 WSL 家的路径下。这是一个例子:

use_condaenv(\"\\\\wsl$\\Ubuntu\\home\\osgrinds\\mnt\\c\\Users\\Owner\\anaconda3\\envs\\pymc_env\\bin\\python\")

错误:\'\\h\' 是字符串开头的无法识别的转义 \"\"\\wsl$\\Ubuntu\\h\"

有没有办法解决这个问题?

    标签: python r conda reticulate


    【解决方案1】:

    这两个操作系统似乎是独立的。我猜,RStudio 是安装在 Linux 系统上的。也许在 WSL 上安装 Rstudio 也是一种解决方案。

    【讨论】:

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