Snakemake JSON 配置文件的格式是什么？

【问题标题】：What is the format for a Snakemake JSON config file?Snakemake JSON 配置文件的格式是什么？
【发布时间】：2022-08-24 00:59:25
【问题描述】：

我可以找到 yaml 配置文件的示例，但是我找不到任何 json 配置文件，而且我的猜测失败了

如何在 JSON 配置文件中执行此操作，以便 config[\"samples\"] 返回正确的值？

Yaml:
samples:
    A: data/samples/A.fastq
    B: data/samples/B.fastq

标签： python json python-3.x yaml snakemake

【解决方案1】：

如果你有config.yaml，看起来像这样：

samples:
    A: data/samples/A.fastq
    B: data/samples/B.fastq

那么等效的config.json 将如下所示：

{
    "samples":
    {
        "A": "data/samples/A.fastq",
        "B": "data/samples/B.fastq"
    }
}

所以下面的Snakefile 将与yaml 或json 配置文件具有相同的行为：

# uncomment the option of interest
# configfile: 'config.json'
# configfile: 'config.yaml'

rule all:
    input:
       A=config['samples']["A"],
       B=config['samples']["B"]

请注意，上面的 Snakefile 失败是有意的，它将表明配置文件的内容被正确解析。

【讨论】：