多序列比对中每个位置的氨基酸计数频率答案

【问题标题】：Counting frequency of amino acids at each position in multiple-sequence alignments多序列比对中每个位置的氨基酸计数频率
【发布时间】：2022-09-26 16:09:57
【问题描述】：

我想知道是否有人知道任何工具可以让我计算多序列比对中任何特定位置的氨基酸频率。

例如，如果我有三个序列：

Species 1 - MMRSA 
Species 2 - MMLSA
Species 3 - MMRTA

我想要一种按位置搜索以下输出的方法：

Position 1 - M = 3;
Position 2 - M = 3;
Position 3 - R = 2, L = 1;
Position 4 - S = 2, T = 1;
Position 5 - A = 3.

谢谢！我熟悉 R 和 Linux，但如果有其他软件可以做到这一点，我相信我可以学习。

标签： r bash genetics sequence-alignment

【解决方案1】：

使用R：

x <- read.table(text = "Species 1 - MMRSA 
Species 2 - MMLSA
Species 3 - MMRTA")

ixCol = 1
table(sapply(strsplit(x$V4, ""), "[", ixCol))
# M 
# 3 

ixCol = 4
table(sapply(strsplit(x$V4, ""), "[", ixCol))
# S T 
# 2 1

根据输入文件格式，可能有专门构建的生物导体包/功能。

【讨论】：