networkD3 包：forceNetwork() - 设置链接距离答案

【问题标题】：networkD3 package: forceNetwork() - setting the linkDistancenetworkD3 包：forceNetwork() - 设置链接距离
【发布时间】：2022-08-15 04:53:14
【问题描述】：

我试图对我的节点图使用 forceNetwork() 函数。但是，我似乎无法设置链接距离。例如，在附图中，我想将所有绿色节点设置为与中心等距。目前，它们似乎距离更远，具体取决于连接到它们的粉红色节点的数量。我遵循了here 的建议，但无法让它工作。

这是我的代码（对不起摇摇欲坠的代码块）：

library(networkD3)
library(htmlwidgets)

NUM_PNODES <- 100
NUM_DNODES <- 8
LINKDIST1 <- 1
LINKDIST2 <- 5
N_SIZE1 <- 2

### Parent edges and nodes
nodes.ID <- (1:NUM_PNODES)-1
nodes <- paste0(\'p\',1:NUM_PNODES)

source1 <- rep(nodes[1],max(nodes.ID))
target1 <- nodes[-1]
source_idx1 <- nodes.ID[1]
target_idx1 <- nodes.ID[-1]
linkdist1 <- LINKDIST1
links.df <- data.frame(source1,target1,source_idx1,target_idx1,linkdist1)

type <- rep(\'parent\',NUM_PNODES)
group <- 0
nodesize <- N_SIZE1
node.df <- data.frame(nodes,group,type,nodesize)

source1 <- target1 <- source_idx1 <- target_idx1 <- linkdist1 <- tdat <- c()

for(i in 1:NUM_DNODES){
  if(i==1){
    NCOUNT <- max(links.df$target_idx1) + 1
  }

  ### clone edges and nodes
  source1 <- \'p1\'
  target1 <- paste0(\'d\',i)
  source_idx1 <- 0
  target_idx1 <- NCOUNT
  linkdist1 <- LINKDIST2
  tdat <- data.frame(source1,target1,source_idx1,target_idx1,linkdist1)
  ndat <- data.frame(target1,i,\'clone\',N_SIZE1)
  colnames(ndat) <- c(\'nodes\',\'group\',\'type\',\'nodesize\')
  links.df <- rbind(links.df,tdat)
  node.df <- rbind(node.df,ndat)

  ### Daughter edges and nodes
  source1 <- rep(paste0(\'d\',i),i)
  target1 <- paste0(\'d\',i,\'.\',1:i)
  source_idx1 <- rep(NCOUNT,i)
  target_idx1 <- (NCOUNT+1):(NCOUNT+i)
  NCOUNT <- NCOUNT+i+1
  linkdist1 <- LINKDIST1
  tdat <- data.frame(source1,target1,source_idx1,target_idx1,linkdist1)
  ndat <- data.frame(target1,i,\'daughter\',N_SIZE1)
  colnames(ndat) <- c(\'nodes\',\'group\',\'type\',\'nodesize\')
  links.df <- rbind(links.df,tdat)
  node.df <- rbind(node.df,ndat)

}



ColourScale <- \'d3.scaleOrdinal()
    .domain([\"parent\", \"clone\", \"daughter\"])
   .range([\"blue\", \"green\", \"red\"]);\'

fn <- forceNetwork(Links = links.df, Nodes = node.df, 
             Source = \'source_idx1\', Target = \'target_idx1\', 
             NodeID = \'nodes\', Group = \'type\',
             bounded = TRUE, opacityNoHover = TRUE, zoom = TRUE,
             colourScale = JS(ColourScale),
             linkDistance=JS(\'function(d) {\', \'return d.linkdist1;\', \'}\'))

fn$x$links$linkdist1 <- links.df$linkdist1
fn

谢谢你的帮助！

标签： javascript r htmlwidgets networkd3

【解决方案1】：

这让我有点想明白。这是一个力量图表。所以军队作用于节点与它们的位置有很大关系。我的印象是您没有使用此图表力量方面，具体来说。

如果您使用的是 JS 版本，则只需添加参数linkStrength。但是，它似乎没有被写入 R 版本。我不知道如何将其添加到另一个电话 onRender 或我能想到的任何其他电话中。我也尝试减少energy。

我确实做到了，但你可能不想走这条路。如果你想要参数linkStrength，你可以下载我为回答这个问题而做的repo。它的外观、感觉和行为都与 Cran 版本一样，除了这一关键区别，它将在函数 forceNetwork 中多了一个参数。（在包中，我真的只对 forceNetwork.js 和 forceNetwork.R 做了改动。）

要下载回购：

devtools::install_github("fraupflaume/networkD3")

当您调用库时，您的操作方式与以前相同。

library(networkD3)

完全按照您在问题中提供的数据代码使用，这里有一些示例说明无法控制链接强度和使用该参数之间的区别。

本质上，您的原始图表；没有建立对力量的控制。

forceNetwork(Links = links.df, Nodes = node.df, 
             Source = 'source_idx1', Target = 'target_idx1', 
             NodeID = 'nodes', Group = 'type',
             bounded = TRUE, opacityNoHover = TRUE, zoom = TRUE,
             colourScale = JS(ColourScale))

在该图中，定义了强度。

forceNetwork(Links = links.df, Nodes = node.df, 
             Source = 'source_idx1', Target = 'target_idx1', 
             NodeID = 'nodes', Group = 'type',
             bounded = TRUE, opacityNoHover = TRUE, zoom = TRUE,
             colourScale = JS(ColourScale),
             linkStrength = 1)

在该图中，指定了强度和长度。

最后一个示例反映了您尝试实现的链接距离的变化。但是，我没有使用 1 和 5。我知道描述说明这些值是相对的……但它们似乎是相当字面的。

forceNetwork(Links = links.df, Nodes = node.df, 
             Source = 'source_idx1', Target = 'target_idx1', 
             NodeID = 'nodes', Group = 'type',
             bounded = TRUE, opacityNoHover = TRUE, zoom = TRUE,
             colourScale = JS(ColourScale),
             linkStrength = 1,
             linkDistance = JS("
             function(d){
               return ((d.source.group === 'parent' && d.target.group === 'clone') ? 75 : 50 );
             }"))

【讨论】：