在 R 中轴对数转换之前绘制箱线图中的平均值答案

【问题标题】：Plotting of the mean in boxplot before axis log transformation in R在 R 中轴对数转换之前绘制箱线图中的平均值
【发布时间】：2022-08-14 20:36:17
【问题描述】：

我想将平均值包含在箱线图中，但显然，平均值不在它应该在的位置。如果我从数据中计算平均值，则它是 16.2，在对数刻度上等于 1.2。我尝试了各种方法，例如，在转换之前或之后更改 stat_summary 函数的位置，但这不起作用。非常感谢您的帮助！你的，克里斯托夫

代码：

数据：

df <- c(2e-05, 0.38, 0.63, 0.98, 0.04, 0.1, 0.16, 0.83, 0.17, 0.09, 0.48, 4.36, 0.83, 0.2, 0.32, 0.44, 0.22, 0.23, 0.89, 0.23, 1.1, 0.62, 5, 340, 47) %>% as.tibble()

输出：

df %>%
  ggplot(aes(x = 0, y = value)) +
  geom_boxplot(width = .12, outlier.color = NA) +
  stat_summary(fun=mean, geom=\"point\", shape=21, size=3, color=\"black\", fill=\"grey\") +
  labs(
    x = \"\",
    y = \"Particle counts (P/kg)\"
  ) +
  scale_y_log10(breaks = trans_breaks(\"log10\", function(x) 10^x), labels = trans_format(\"log10\", math_format(10^.x)))

在将数据传递给统计数据之前应用通过比例进行的转换，即您的平均值是10^(mean(log10(df$value)))，即.437。这同样适用于箱线图。

标签： r ggplot2 mean boxplot logarithm

【解决方案1】：

由stat_summary 计算的平均值是log10(value) 的平均值，而不是value 的平均值。
下面我建议定义一个新函数my_mean 来正确计算平均值。

library(ggplot2)
library(dplyr)
library(tibble)
library(scales)

df <- c(2e-05, 0.38, 0.63, 0.98, 0.04, 0.1, 0.16, 
0.83, 0.17, 0.09, 0.48, 4.36, 0.83, 0.2, 0.32, 0.44, 
0.22, 0.23, 0.89, 0.23, 1.1, 0.62, 5, 340, 47) %>% as.tibble()

# Define the mean function   
my_mean <- function(x) {
   log10(mean(10^x))
}

df %>%
  ggplot(aes(x = 0, y = value)) +
  geom_boxplot(width = .12, outlier.color = NA) +
  stat_summary(fun=my_mean, geom="point", shape=21, size=3, color="black", fill="grey") +
  labs(
    x = "",
    y = "Particle counts (P/kg)"
  ) +
  scale_y_log10(breaks = trans_breaks("log10", function(x) 10^x), 
                labels = trans_format("log10", math_format(10^.x)))

【讨论】：

哇！非常感谢 Marco 的快速而有帮助的回复。这节省了一些精力，让我明白了