目标工作流的静态图像，以编程方式答案

【问题标题】：static image of targets workflow, programatically目标工作流的静态图像，以编程方式
【发布时间】：2022-08-05 05:14:32
【问题描述】：

我正在尝试在 rmarkdown 文档中嵌入 targets 工作流的静态图像。我试图通过使用tar_mermaid 来做到这一点，定义一个目标，以mermaid 格式编写工作流mm <- tar_mermaid(); writeLines(mm, \"target_mermaid.js\") 但tar_mermaid 的帮助说

您可以通过复制来可视化图表将文本放入公共在线 mermaid.js 编辑器或美人鱼 GitHub 代码块

我正在寻找一种编程方式任何一个(1) 将 Javascript 输出嵌入 (R)markdown 文件中，或者(2) 渲染它（如 SVG、PNG 等）。

我认为作为一种快捷方式，我可以剪切并粘贴到由```mermaid 分隔的markdown 代码块中，或者在results = \"asis\" 的块中使用cat(readLines(\"target_mermaid.js\"), sep = \"\\n\")，但我想这只适用于Github markdown（我使用 Pandoc 渲染为 HTML) ... ?

visNetwork 包有一个 visSave() 函数，可以保存到 HTML（不是我想要的，但比我迄今为止管理的更好），还有一个 visExport() 函数（保存到 PNG 等，但仅通过在 Web 浏览器中单击）。此外，targets 包装 visNetwork 函数的方式（到目前为止）对我来说很难解开（即，它不返回 visNetwork 对象，而是自动返回一个小部件......）

目前我可以去https://mermaid.live，粘贴美人鱼代码，然后手动导出PNG，但我真的想以编程方式完成（即作为我工作流程的一部分，不涉及手动步骤）。

标签： r r-markdown mermaid targets-r-package

【解决方案1】：

我不太确定答案。但我有一个想法。如果不够，我将删除：

如果您想执行美人鱼代码以获取例如 html 输出，那么您可以使用 quarto 执行此操作。我不确定 rmarkdown 是否可行：

见https://quarto.org/docs/authoring/diagrams.htmlS

---
title: "Untitled"
format: html
editor: visual
---

## Quarto

Quarto enables you to weave together content and executable code into a finished document. To learn more about Quarto see <https://quarto.org>.

## Running Code

    ```{mermaid}
    flowchart LR
      A[Hard edge] --> B(Round edge)
      B --> C{Decision}
      C --> D[Result one]
      C --> E[Result two]
    ```

输出：

【讨论】：

我很欣赏这个答案，但我认为这不会奏效，因为块本身的内容是以编程方式生成的.当然，我可以使用另一个步骤来做到这一点（例如，使用sed/cat 将生成的美人鱼代码嵌入到文本中）但我希望避免这种情况......（因为它是不是原始降价，使用带有“asis”的代码块不起作用......（实际上它在 rmarkdown 中不起作用，如果我能让它工作，我不会反对为此切换到 Quarto......）
knitr 可以使用此方法生成mermaid.js 代码块：github.com/ropensci/targets/pull/802。这是一个带有results = "asis" 的R 代码块，它输出mermaid.js 代码块的文本行。

【解决方案2】：

@landau 的建议看这里几乎工作，如果我愿意使用 Quarto 而不是 Rmarkdown （GH Markdown 不是一个选项）。这个.qmd 文件几乎可以工作，但有以下（外观）问题：

很难抑制 tidyverse 启动消息，因为 targets 在单独的 R 实例中运行可视化代码，用户 (AFAIK) 几乎无法控制；
图表的默认大小是丑陋的。

---
title: "targets/quarto/mermaid example"
---

```{r}
suppressPackageStartupMessages("tidyverse")
library("targets")
```

```{r, results = "asis", echo = FALSE}
cat(c("```{mermaid}", tar_mermaid(), "```"), sep = "\n")
```

文件开头：

缩小：

【讨论】：