有没有办法在 R 的工作目录中引用文件夹中的文件？答案

【问题标题】：Is there a way to reference files in a folder within the working directory in R?有没有办法在 R 的工作目录中引用文件夹中的文件？
【发布时间】：2022-08-04 21:06:49
【问题描述】：

我已经完成了我的 RMarkdown，我正在尝试清理一下工作区。这不是完全必要的事情，而是更多的组织实践，我什至不确定这是否是一个好的实践，以便我可以将数据与某些脚本和其他 R 和 git 相关文件分开。

我有一堆 .csv 文件用于我使用的数据。以前他们在（例如）

C:/Users/Documents/Project

这是我设置为我的工作目录。但现在我想让他们进来

C:/Users/Document/Project/Data

问题是这只会破坏以下代码，因为它们不在 wd 中。

#create one big dataframe by unioning all the data
bigfile <- vroom(list.files(pattern = \"*.csv\"))

我尝试将 list.files() 的完整路径添加到 csv 所在的位置，但没有运气。

bigfile <- vroom(list.files(path = \"C:/Users/Documents/Project/Data\", pattern = \"*.csv\"))
Error: \'data1.csv\' does not exist in current working directory (\'C:/Users/Documents/Project\').

有没有办法只访问一次 /Data 文件夹以使用 vroom() 创建我的数据框，而不是多次更改工作目录？

标签： r

【解决方案1】：

您可以使用list.files(pattern = "*.csv", recursive = TRUE) 列出所有子目录中的文件（尤其是Data）

最佳实践

只有一个原始数据目录（您测量的数据）
拥有另一个外部数据目录（例如参考数据库）。这是您可以在之后删除并在需要时重新下载的内容。
为源代码提供另一个目录
仅将源代码目录置于版本控制之下，再加上一个包含原始数据和外部数据校验和的其他文件，以证明完整性
使用原始数据和源代码必须可以重现所有其他内容。这可以在项目之后删除。也许您想保留需要很长时间才能重现的小型结果文件（例如表格）。

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以列出文件并捕获完整的文件路径名称吗？

bigfile <- vroom(list.files(path = "C:/Users/Documents/Project/Data", pattern = "*.csv", full.names = T))

并且应该在不参考您的 wd 的情况下读取目录中的文件

【讨论】：

【解决方案3】：

尝试其中之一：

# list all csv files within Data within current directory
Sys.glob("Data/*.csv")

# list all csv files within immediate subdirectories of current directory
Sys.glob("*/*.csv")

如果您只有 csv 文件，那么这些也可以工作，但似乎不太理想。如果您想快速查看那里有哪些文件和目录，可能会很有用。（我会非常小心，不要在语句中使用第二个来删除文件，因为如果您不在您认为它所在的目录中，那么您可能会最终删除您不打算删除的文件。第一个也可以但是更安全一点，因为如果您所在的目录确实有一个 Data 子目录，它只会导致删除错误的文件。）

# list all files & directories within Data within current directory
Sys.glob("Data/*")

# list all files & directories within immediate subdirectories of current directory
Sys.glob("*/*")

【讨论】：

【解决方案4】：

如果子文件夹始终具有相同的名称（或相同数量的字符），您应该能够通过子字符串来做到这一点。在您的示例中，“数据”有 4 个字符（5 个带有 /），所以下面的代码应该这样做：

    Repository <- substring(getwd(), 1, nchar(getwd())-5)

【讨论】：