重新安装 R 包时“无法删除先前安装的包”的非手动解决方案

Question

我最近开始收到警告说，当我尝试重新安装包时，无法删除以前安装的 R 包：

install.packages("gtools")
#> Warning: cannot remove prior installation of package ‘gtools’
#> Warning: restored ‘gtools’

我找到了解决这个问题的方法，鼓励我从我的库文件夹中手动删除这些包，我可以使用.libPaths() 找到该包。但是，（a）这似乎是一种解决症状而不是根本问题（尚不清楚）的方法，并且（b）看似不同的 R 版本有两条路径，我不确定从哪个中删除：

.libPaths()           
#> [1] "C:/Users/foo/Documents/R/win-library/4.1"
#> [2] "C:/Program Files/R/R-4.1.2/library"

我该如何解决这个问题，这样我就不必在每次想要重新安装软件包时手动删除软件包文件夹？如果没有其他选择，我是否需要从这些文件夹之一或两者中删除包的子目录？ FWIW，我在 RStudio 工作。

Answer 1

问题是您使用不同的权限安装了软件包。在 Windows 上，您需要提升权限才能写入 Program Files。在某些时候，您（或管理员）可能使用“以管理员身份运行”在那里安装 gtools，现在使用常规权限您无法删除它。

如果您以foo 用户身份运行，您应该能够删除Users/foo 副本，但即使是该用户也可能已更改权限。但我猜问题是gtools 在Program files 位置。

来自 R 的错误消息并没有告诉您它试图删除哪个版本，这很不幸。事实上，允许在这两个位置安装不同的版本是 R 中的一个糟糕的设计特性，只会导致混乱，因为每次加载包时不一定总是使用相同的版本。 （您使用哪个规则是在.libPaths 列表中找到的第一个可接受的规则，但是由于您可以更改.libPaths，并且由于包可以加载其他包，因此很难预测您将加载哪个包任何给定时间。）

要解决此问题，您可以删除两个副本并重新开始，但这样做有风险，因为其他软件包可能依赖于 gtools。如果您是计算机上的唯一用户，则可以改为删除整个 "C:/Users/foo/Documents/R/win-library/4.1" 库，然后使用“以管理员身份运行”进行所有安装，但这也很容易搞砸。

（在 Mac 上，实际上就是这样，因为大多数单用户系统将用户放在“管理员”组中，因此他们始终可以将软件包安装到系统位置。这会减少很多混乱，但有些“纯粹主义者” " 认为 Windows 方式更好。）

所以我对你没有什么好的建议，但也许这可以解释这种情况，你可以自己制定出最好的前进方向。