尝试使用 geom_signi 映射美学时出错

Question

我正在尝试创建一个分面箱线图，其显着性水平用星号表示，如“***”。 问题是，尝试添加 geom_signif 层时出现错误。

Warning message: 忽略未知美学：xmin、xmax、注释、y_position、map_signif_level。

这是我的数据：

 veg_un <- structure(list(Datum = structure(c(3L, 3L, 1L, 1L, 3L, 3L, 2L, 
3L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 3L, 1L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("2021-04-08", 
"2021-05-17", "2021-07-07"), class = "factor"), Soll = c("1192", 
"1192", "149", "2484", "552", "172", "1192", "1189", "2484", 
"552", "552", "552", "119", "1192", "2484", "1202", "149", "552", 
"1202", "1202"), Entfernung = structure(c(2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 
2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("2", 
"5"), class = "factor"), DGUnkraut = c(0, 1.3, 0.3, 3.4, 0, 2.5, 
4, 0, 1, 0.9, 0, 0.8, 0.5, 3, 1, 0.2, 0.2, 4, 0.5, 5)), row.names = c(NA, 
-20L), class = "data.frame")

这是我目前的代码。

library(tidyverse)
library(ggsignif)
library(ggpubr)

anno_df <- compare_means(DGUnkraut ~ Entfernung, group.by = "Soll", data = veg_un, p.adjust.method = "holm") %>%
  mutate(y_pos = 7, p.adj = format.pval(p.adj, digits = 2))

ggplot(veg_un, aes(x=Entfernung, y=DGUnkraut)) + 
  geom_boxplot(position=position_dodge()) + 
  geom_point(aes(color=Entfernung), position=position_jitterdodge()) + 
  facet_wrap(~Soll) + 
  theme_minimal()+
  ggsignif::geom_signif(
    inherit.aes = F,
    data=anno_df, 
    aes(xmin=group1, xmax=group2, annotations=p.adj, y_position=y_pos, map_signif_level = T),
    manual=TRUE)

我不知道为什么会这样。另外，p值太高了。我试着用y_position来修改这个，但是由于我无法控制美观，所以它不起作用。

Answer 1

我会尝试其中一种

anno_df <- compare_means(DGUnkraut ~ Entfernung, group.by = "Soll", data = veg_un, p.adjust.method = "holm") %>%
  mutate(y.position = 7, p.adj = format.pval(p.adj, digits = 2))

p <- ggplot(veg_un, aes(x=Entfernung, y=DGUnkraut)) + 
  geom_boxplot(position=position_dodge()) + 
  geom_point(aes(color=Entfernung), position=position_jitterdodge()) + 
  facet_wrap(~Soll) + 
  theme_minimal() 
  
p + ggsignif::geom_signif(comparisons = list(c("2", "5")), map_signif_level = T)
p + ggpubr::stat_pvalue_manual(anno_df, label = "p.adj") 

Answer 2

我看到了几件事。

1. 您的 p.adj 始终为 1。所以我不能用*创建标签

2. 虽然您收到了一些警告，但我没有收到任何错误，并且代码正在执行我的预期。

3. 您可以调整 ylim 的大小并定义标签的高度。

图书馆（tidyverse） 库（ggsignif） 库（ggpubr）

  anno_df <- compare_means(DGUnkraut ~ Entfernung, group.by = "Soll", data = veg_un, p.adjust.method = "holm") %>%
    mutate(y_pos = 5, label = format.pval(p, digits = 2))
  
  ggplot(veg_un, aes(x=Entfernung, y=DGUnkraut)) + 
    geom_boxplot(position=position_dodge()) + ylim(0,7) + 
    geom_point(aes(color=Entfernung), position=position_jitterdodge()) + 
    facet_wrap(~Soll) + 
    theme_minimal()+
    ggsignif::geom_signif(
      inherit.aes = F,
      data=anno_df, 
      aes(xmin=group1, xmax=group2, annotations=label, y_position=y_pos, map_signif_level = T),
      manual=TRUE)

我得到了这张图片。我希望是你要找的。​​p>