附加到 `.Rprofile` 中的 `defaultPackages` 选项答案

【问题标题】：Appending to the `defaultPackages` option in `.Rprofile`附加到 `.Rprofile` 中的 `defaultPackages` 选项
【发布时间】：2022-06-11 08:34:32
【问题描述】：

?options 文档对defaultPackages 的描述及其实际行为似乎存在不一致。在 R 4.2.0 中，它是 reads（在 fullrefman.pdf 的第 438 页上）

     ‘defaultPackages’: the packages that are attached by default when
          R starts up.  Initially set from value of the environment
          variable ‘R_DEFAULT_PACKAGES’, or if that is unset to
          ‘c("datasets", "utils", "grDevices", "graphics", "stats",
          "methods")’.  (Set ‘R_DEFAULT_PACKAGES’ to ‘NULL’ or a
          comma-separated list of package names.)  It will not work to
          set this in a .Rprofile file, as its value is consulted
          before that file is read.

我的问题与最后一句话有关 - R 4.2.0 中的实际行为似乎与此相矛盾。例如，我可以阻止标准默认包像示例 1 中那样被加载

# .Rprofile Example 0 (empty)
# R Output 0
$ R --vanilla --quiet -e 'search()'
> search()
[1] ".GlobalEnv"        "package:stats"     "package:graphics" 
[4] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets" 
[7] "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"     

# .Rprofile Example 1
options(defaultPackages = c())

# R Output 1
$ R --quiet -e 'search()'
> search()
[1] ".GlobalEnv"      "package:methods" "Autoloads"       "package:base"

我也可以这样做（这是我了解here的预期用例）

# .Rprofile Example 2
common.packages <- c("ggplot2", "tidyverse")
option(defaultPackages = c(getOption(defaultPackages), common.packages))

# R Output 2
$ R --quiet -e 'search()' 
Loading required package: utils
Tracing function "install.packages" in package "utils"
── Attaching packages ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── tidyverse 1.3.1 ──
✔ tibble  3.1.7     ✔ dplyr   1.0.9
✔ tidyr   1.2.0     ✔ stringr 1.4.0
✔ readr   2.1.2     ✔ forcats 0.5.1
✔ purrr   0.3.4     
── Conflicts ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()
> search()
 [1] ".GlobalEnv"        "package:forcats"   "package:stringr"  
 [4] "package:dplyr"     "package:purrr"     "package:readr"    
 [7] "package:tidyr"     "package:tibble"    "package:tidyverse"
[10] "package:ggplot2"   "package:stats"     "package:graphics" 
[13] "package:grDevices" "package:datasets"  "package:utils"    
[16] "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"

我错过了什么吗？我的系统配置有什么特别之处吗：从here 下载的Ubuntu 20.04、R 4.2.0，并使用r2u 和bspm。

编辑：为了澄清我的问题，我认为文档中有错误。它说我不能做某事，而我显然可以。

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

R 4.2.0，Ubuntu 22.04

edd@rob:~$ R --vanilla --quiet -e 'search()'
> search()
[1] ".GlobalEnv"        "package:stats"     "package:graphics" 
[4] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets" 
[7] "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"     
> 
> 
edd@rob:~$

我有stats。也许你的结局有些不同？

【讨论】：

嗯，所以当我在 R 中交互使用search() 时，我只得到[1] ".GlobalEnv" "package:methods" "Autoloads" "org:r-lib" "package:base"。但是当我使用您的确切命令时，我会得到与您相同的结果。所以这与--vanilla 标志或交互式R有关。
这可能与您在RHOME/etc 中的默认文件有关。 org:r-lib 也似乎不寻常。您使用什么操作系统，您的版本是从哪里获得的？
对，所以--vanilla 标志忽略了.Rprofile，所以它显示stats 是有意义的。我很困惑?options 声称我无法在.Rprofile 中更改defaultPackages，因为在.Rprofile 加载之前咨询了defaultPackages，但我显然可以更改它。你能重现能够在.Rprofile 中更改defaultPackages 吗？
我在 Ubuntu 20.04 上，我从标准 Rutter PPA 下载了 R。
如果您在与公认的 R 大师 Dirk 反复讨论后仍有疑问，您可以将其发布在 R-dev 邮件列表上，该邮件列表通常会解决文档准确性问题。

【解决方案2】：

我发现对文档的解释是有意义的。将在此处发布此内容以供可能感到困惑的其他人使用。

再考虑最后一句话

在 .Rprofile 文件中设置它是行不通的，因为在读取该文件之前会查询它的值。

有两种有效的解释：1) “this”一词指的是defaultPackages，2) “this”一词指的是R_DEFAULT_PACKAGES。

在第一种解释中，该陈述是不准确的，正如我的 OP 中的示例所提供的那样。

在第二种解释中，陈述是正确的（虽然我觉得这句话模棱两可）。

【讨论】：