使用snakemake将笔记本记录为html（不仅作为ipynb）答案

【问题标题】：log notebook as html using snakemake (not only as ipynb)使用snakemake将笔记本记录为html（不仅作为ipynb）
【发布时间】：2022-06-11 00:35:44
【问题描述】：

我尝试了snakemakes jupyter notebook 集成，我喜欢保存一个可以在任何地方轻松执行的规则的笔记本！ docs 非常适合这个！

我想知道是否还有一种集成方式来记录笔记本的 html 版本，或者这是否必须通过自定义规则手动完成。笔记本使用jupyter nbconvert 执行和保存，--to html 作为选项。

# example of what snakemake executes, taken from the logs,
# note: full-paths omitted (but used by snakemake 7.8.2)
jupyter-nbconvert --log-level ERROR --execute --output "example_notebook.ipynb" --to notebook --ExecutePreprocessor.timeout=-1 "output_dir/example_notebook.ipynb"

如果在snakemake中开箱即用，任何提示都很高兴。

【问题讨论】：

AFAIK，这还没有实现，但很好实现。
因此，进行传输的规则在检测崩溃方面存在问题：github.com/snakemake/snakemake/issues/683
有趣，好吧，作为一个黑客，不仅需要日志笔记本，还需要相关的输出......
我在问题中添加了注释：github.com/snakemake/snakemake/issues/683

标签： python jupyter-notebook snakemake nbconvert