gnu 并行无法识别用户定义的函数答案

【问题标题】：gnu parallel not recognize user-defined functionsgnu 并行无法识别用户定义的函数
【发布时间】：2015-02-17 16:30:39
【问题描述】：

我无法获得 gnu 并行函数来实现我构建的自定义函数。

我的功能是：

function run_cuffLinks() {
    inputBAM="${HOME}/Analyses/P_miniata/CleanUpPipeline/TH_${1}/${1}.realigned.bam"
    if [[ ! -f $inputBAM ]]; then echo -e "$inputBAM could not be found\nexit 1" ; fi 
    WORKING_DIR="${HOME}/data/CuffLinks/TH_$1"
    if [[ ! -d $WORKING_DIR ]]; then mkdir -p $WORKING_DIR; fi

    REF="${HOME}/ReferenceSequences/GATK_pmin.scaf.fa"
    if [[ ! -f $REF ]]; then echo -e "$inputBAM could not be found\nexit 1" ; exit 1; fi 

    GTF_FILE="${HOME}/ReferenceSequences/genes.sorted.gff3"    
    if [[ ! -f $GTF_FILE ]]; then echo -e "$inputBAM could not be found\nexit 1" ; exit 1; fi 

    cufflinks \
    --output-dir $WORKING_DIR \
    --num-threads 2 \
    --frag-len-mean 100 \
    --GTF-guide $GTF_FILE \
    --frag-bias-correct $REF \
    -L "HH" \
    $inputBAM ;
}

当我进入时：

parallel --no-notice -j+2 run_cuffLinks {} ::: sample1 sample2 sample3

我得到了输出：

/bin/bash: run_cuffLinks: command not found
/bin/bash: run_cuffLinks: command not found
/bin/bash: run_cuffLinks: command not found

如果我在函数名前包含一个“$”符号，我会得到：

/bin/bash: sample1: command not found
/bin/bash: sample2: command not found
/bin/bash: sample3: command not found

我也尝试过使用 -pipe --recend 和 --rrs 选项，但没有得到肯定的结果。 GNU 并行不能处理用户定义的函数吗？

【问题讨论】：

标签： function user-defined-functions gnu gnu-parallel

【解决方案1】：

你不写你是否已经完成了教程（man parallel_tutorial）。因为它表明你必须export -f这个函数，因为你没有写这个，我相信你可能已经忘记了：

export -f run_cuffLinks
parallel ...

从 20180522 版本开始你也可以使用env_parallel:

env_parallel --session
[define functions and variables here that you want parallel to see]
# Use env_parallel like you would parallel
env_parallel run_cuffLinks ...

PS：使用--bibtex 一次，避免以后使用--no-notice。

【讨论】：