在 Ubuntu 14.04 上安装 HTSeq Python 包失败答案

【问题标题】：Failure to install HTSeq Python package on Ubuntu 14.04在 Ubuntu 14.04 上安装 HTSeq Python 包失败
【发布时间】：2015-04-22 05:45:02
【问题描述】：

我需要使用一个名为 HTSeq 的程序。有详细的安装说明，但由于我是一个新的 Python 用户，我一定是在某个地方搞砸了。

我第一次尝试在 Windows XP 下安装，但我一直收到以下错误，即使在安装 vcredist_x86.exe 之后也是如此：

>>> import HTSeq
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\Python27\lib\site-packages\HTSeq\__init__.py", line 9, in <module> from _HTSeq import *
ImportError: DLL load failed: Le module specifie est introuvable.

由于我比较喜欢Unix环境，所以放弃了Windows，安装了Ubuntu 14.04，然后又试了一次。在终端中，我输入了：

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib

由于代理设置不正确，我收到了一系列错误。由于这不起作用，我决定下载Python-2.7.9.tgz并安装它

.configure
make
sudo make install

同时我发现代理设置错误并相应地编辑了apt.conf。我重复了命令

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib

一切安装完美。然后我下载了HTSeq-0.6.1p1 并将其解压到我命名为opt 的新目录中。我尝试安装并收到此错误：

liz@liz-Veriton-M670G:~/opt/HTSeq-0.6.1p1$ python setup.py install --user
    Could not import 'setuptools', falling back to 'distutils'.
Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'.
Please install numpy and then try again to install HTSeq.

Numpy 已安装，如下所示：

liz@liz-Veriton-M670G:~/opt/HTSeq-0.6.1p1$ sudo apt-get install python-numpy
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
python-numpy is already the newest version.
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 391 not upgraded.

所以似乎只缺少 setuptools。我愿意

liz@liz-Veriton-M670G:~$ sudo apt-get install python-setuptools

但是 HTSeq 仍然没有安装。

liz@liz-Veriton-M670G:~$ cd ./opt/HTSeq-0.6.1p1/
liz@liz-Veriton-M670G:~/opt/HTSeq-0.6.1p1$ python setup.py install --user
Could not import 'setuptools', falling back to 'distutils'.
Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'.
Please install numpy and then try again to install HTSeq.

也许我没有在正确的目录中安装东西？我做错了什么？

【问题讨论】：

标签： python-2.7 numpy matplotlib ubuntu-14.04

【解决方案1】：

现在可能事情有些混乱了；也许你现在有两个 Python 安装。

写/usr/bin/python 而不仅仅是python 以确保您使用apt-get 安装的那个。

并启动Python一次（只需输入/usr/bin/python），然后输入import numpy，看看是否可以加载。

【讨论】：

确实，非常混乱。我试图删除所有内容并使用 sudo apt-get remove 重新开始，但我无法删除 Python。 > 哪个 python 给了我 /usr/local/bin/python。我在 /usr/bin/ 和 /usr/local/bin 中都有 python2.7 和 3.4。有没有办法启动 2.7 而不是 3.4？

【解决方案2】：

确实，由于我的 Ubuntu 安装附带了一个 Python 版本，因此我在 /usr/bin 和 /usr/local/bin 中都有多个版本。但是启动正确的并安装 HTSeq 就足够了：

liz@liz-Veriton-M670G:~$ cd ./Desktop/HTSeq-0.6.1p1/

liz@liz-Veriton-M670G:~/Desktop/HTSeq-0.6.1p1$ /usr/bin/python setup.py install --user

谢谢你这么简单的回答！

【讨论】：