ImageJ 中的应用程序和代码的不同结果

Question

当我尝试使用 ImageJ 运行图片分析并尝试计算孔隙率时，出现了我的问题。

我记录了宏并在 java 中运行相同的过程。这两次执行的结果不同，我不知道为什么。你能帮忙吗？

我尝试使用ImageJ API 再次编写代码。我运行的两个示例如下所示：

    ImagePlus imp = new ImagePlus();
    imp = IJ.openImage("path_to_image");
    int measurements = Measurements.AREA + Measurements.MEAN +Measurements.STD_DEV +    Measurements.AREA_FRACTION;
    ResultsTable rt = new ResultsTable();
    Analyzer analyzer = new Analyzer(imp, measurements, rt);
    IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
    System.out.println(rt.MIN);

还有记录的代码

    imp = IJ.openImage("path_to_image");
    IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
    IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
    IJ.run(imp, "Measure", "");

Answer 1

你的代码有几个问题：

• 要从 Analyzer 获取测量值，您需要运行其 measure() 方法
• 您正在打印rt.MIN，这是一个常数，用于定义与测量值对应的默认标题，请参阅source code。相反，您应该使用ResultsTable#getValueAsDouble(int column, int row) 或getValue(String column, int row) 来获取您感兴趣的价值。
• 显然您想测量最小值。为此，您应该将 Measurements.MIN_MAX 包含到您的 measurements 变量中。

您记录的代码似乎是 Javascript，而不是 ImageJ 宏代码，因此这里是您的脚本的一些版本，它们都采用 Blobs 示例图像（File > Open Samples > Blobs (25K))，设置默认阈值并测量相同的参数。

ImageJ1 宏：

run("Blobs (25K)");
setAutoThreshold("Default");
run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
run("Measure");

Javascript：

importClass(Packages.ij.IJ);

imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif");
IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
IJ.run(imp, "Measure", "");
imp.show();

Beanshell（最接近Java代码）：

import ij.IJ;

imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif");
IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
IJ.run(imp, "Measure", "");
imp.show();

如果您想避免调用 IJ 并使用较低级别的 ImageJ API，那么它在 Beanshell 中的外观如下：

import ij.ImagePlus;
import ij.IJ;
import ij.measure.Measurements;
import ij.measure.ResultsTable;
import ij.plugin.filter.Analyzer;

ImagePlus imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif");
// IJ.setAutoThreshold(imp, "Default");
imp.getProcessor().setAutoThreshold("Default");

// IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3");
int measurements = Measurements.AREA + Measurements.MEAN + Measurements.MIN_MAX + Measurements.STD_DEV + Measurements.MODE + Measurements.MEDIAN + Measurements.AREA_FRACTION + Measurements.LIMIT;

// IJ.run(imp, "Measure", "");
ResultsTable rt = new ResultsTable();
Analyzer analyzer = new Analyzer(imp, measurements, rt);
analyzer.measure();

Double result = rt.getValue("Min", rt.getCounter() - 1); // get value of interest
IJ.log(result.toString()); // print to log window
// Alternatively, show the full results table
// rt.show("New Results");