不同矩阵之间的相关性 R

【问题标题】：correlation between different matrices R不同矩阵之间的相关性 R
【发布时间】：2016-05-14 18:07:42
【问题描述】：

我正在尝试在 R 中创建两个不同矩阵（操作分类单元与环境参数）之间的相关性（与 p 值）

第一个表是这个

生物1 生物2 T1 1.540184 3.080025 T2 1.354927 5.012977 T3 1.449712 4.715981 T4 1.146659 2.442083 X1 1.705184 3.881878 X2 1.182721 3.014836 X3 1.536956 2.636719 X4 1.808025 4.434525 A1 1.132737 2.135737 A2 1.506048 3.114281 A3 1.285308 4.363828 A4 3.008994 7.290423

还有第二张桌子

OTU1 OTU2 OTU3 OTU4 OTU5 OTU6 OTU7 OTU8 T1 109 80 175 14 71 46 61 39 T2 102 48 26 8 23 5 35 10 T3 26 19 61 3 68 13 10 29 T4 143 56 9 11 16 13 49 24 X1 70 36 20 15 39 9 26 12 X2 39 33 12 32 15 2 11 3 X3 43 17 2 14 8 2 7 2 X4 160 60 8 26 25 7 9 15 A1 90 73 41 15 22 23 33 7 A2 344 109 18 28 22 13 93 16 A3 65 16 15 9 5 10 18 6 A4 141 140 6 86 18 3 43 4

我已经尝试过 cor() 和 corr.test() 但它只看到关联第一个表中的值

有什么建议吗？

非常感谢

【问题讨论】：

标签： r correlation

【解决方案1】：

我不清楚您期望的结果是什么。但是，如果您想执行简单的相关测试，则必须将矩阵设为矢量格式。您可以尝试以下方法：

cor(c(as.matrix(your_matrix1)), c(as.matrix(your_matrix2)))

或

cor.test(c(as.matrix(your_matrix1)), c(as.matrix(your_matrix2)))

看看这些选项之一是否符合您的期望。

但是，对我来说，使用典型相关分析来探索您的数据集更有意义。使用基础 R，您可以使用：

cancor(matrix1, matrix2)

您还可以使用一些具有一组工具来解释结果的包（例如library(CCA)）

【讨论】：

感谢 G. Cocca 的回答，我想将每个单独的 OTU 与环境参数关联起来。