如何定位包含通配符的中间 Snakemake 规则答案

【问题标题】：How to target intermediary Snakemake rule that contains wildcards如何定位包含通配符的中间 Snakemake 规则
【发布时间】：2021-07-13 21:58:22
【问题描述】：

我有一个工作流程，对于这个问题非常简化，如下所示：

rule all:
    input: multiext("final",".a",".b",".c",".d")

rule final_cheap:
    input: "intermediary.{ext}"
    output: "final.{ext}"
    #dummy for cheap but complicated operation
    shell: "cp {input} {output}"

rule intermediary_cheap:
    input: "start.{ext}"
    output: "intermediary.{ext}"
    #dummy for cheap complicated operation
    shell: "cp {input} {output}" 

rule start_expensive:
    output: "start.{ext}"
    #dummy for very expensive operation
    shell: "touch {output}"

第一步非常昂贵，接下来是两个复杂的步骤。

在我使用snakemake -c1 运行此工作流一次后，我想重新运行该工作流，但只是从中间规则开始。如何使用命令行标志实现此目标？

snakemake intermediary_cheap all 不起作用，因为 intermediary_cheap 包含通配符，即使包含 all 确实显示了所需通配符的值。

是否有命令行标志告诉snakemake 运行规则并忽略来自规则intermediary_cheap 的所有输出，例如snakemake all --forcerule=intermediary_cheap？（我发明了 --forcerule 标志，据我所知它并不存在。

我现在使用的解决方法是手动删除规则intermediary_cheap 的输出，然后使用--force 强制执行规则，然后运行rule all，这会注意到一些上游输入已更改。但这需要知道生成的精确文件名，而只知道规则会更好，因为它处于更高的抽象级别。

【问题讨论】：

标签： snakemake

【解决方案1】：

我以前没用过，但我想你想要：

snakemake -c 1 --forcerun intermediary_cheap

  --forcerun [TARGET [TARGET ...]], -R [TARGET [TARGET ...]]
                        Force the re-execution or creation of the given rules
                        or files. Use this option if you changed a rule and
                        want to have all its output in your workflow updated.
                        (default: None)

【讨论】：

你是明星！这就是解决方案。如果您希望生成所有输出，只需按照您的建议进行操作。如果你只想生成final.a 说，在顶部添加：snakemake -c1 --forcerun intermediary_cheap -- final.a ，-- 是必要的，因为我们只是想要这样，规则 intermediary_cheap 被强制。如果您想包含它，您可以编辑您的答案。谢谢！