从 tibble 迭代地创建全局环境对象

Question

我正在尝试直接根据 tibble 中列出的信息制作对象，这些信息可以由我的环境中的后续函数/tibbles 调用。我可以手动制作对象，但我正在努力迭代。

library(tidyverse)    
##determine mean from 2x OD Negatives in experimental plates, then save summary for use in appending table

ELISA_negatives = "my_file.csv"  
neg_tibble <- as_tibble(read_csv(ELISA_negatives, col_names = TRUE))  %>%
  group_by(Species_ab, Antibody, Protein) %>% 
  filter(str_detect(Animal_ID, "2x.*")) %>%
  summarize(ave_neg_U_mL = mean(U_mL, na.rm = TRUE), n=sum(!is.na(U_mL))) 

neg_tibble
# A tibble: 4 x 5
# Groups:   Species_ab, Antibody [2]
  Species_ab Antibody Protein ave_neg_U_mL     n
  <chr>      <chr>    <chr>          <dbl> <int>
1 Mouse      IgG      GP             28.2      6
2 Mouse      IgG      NP             45.9      6
3 Rat        IgG      GP              5.24     4
4 Rat        IgG      NP              1.41     1

我可以根据上面的小标题手动编写对象：

Mouse_IgG_GP_cutoff <- as.numeric(neg_tibble[1,4])
Mouse_IgG_GP_cutoff
[1] 28.20336

在我尝试迭代地执行此操作时，我可以使用我需要的信息创建一个新的 tibble neg_tibble_string。我现在需要做的就是从第一列Test_Name 中的名称创建一个全局对象，并将其分配给第二列ave_neg_U_mL 中的数值（这是我卡住的地方）。

 neg_tibble_string <- neg_tibble %>%
      select(Species_ab:Protein) %>%
      unite(col='Test_Name', c('Species_ab', 'Antibody', 'Protein'), sep = "_") %>%
      mutate(Test_Name = str_c(Test_Name, "_cutoff")) %>%
      bind_cols(neg_tibble[4])
    
    neg_tibble_string
        # A tibble: 4 x 2
      Test_Name           ave_neg_U_mL
      <chr>                      <dbl>
    1 Mouse_IgG_GP_cutoff        28.2 
    2 Mouse_IgG_NP_cutoff        45.9 
    3 Rat_IgG_GP_cutoff           5.24
    4 Rat_IgG_NP_cutoff           1.41

我觉得必须有一种方法可以从上面的 tibble neg_tibble_string 中获取此信息，并为所有四行进行此操作。我尝试了this 和this 的变体，但无处可去。

> list_df <- mget(ls(pattern = "neg_tibble_string"))
> list_output <- map(list_df, ~neg_tibble_string$ave_neg_U_mL)
Warning message:
Unknown or uninitialised column: `ave_neg_U_mL`. 
> list_output
$neg_tibble_string
NULL

一如既往，感谢任何见解！我的 R 之旅正在取得进展，但我知道我在知识方面缺少巨大的空白。

Answer 1

由于我们已经在 list 中返回了对象值，我们只需要指定 lambda 函数，即 .x 返回 list 元素的值，即 tibble 并提取列

library(purrr)
list_output <- map(list_df,  ~.x$ave_neg_U_ml)

如果打算创建全局对象deframe，则转换为list，然后使用list2env

library(tibble)
list2env(as.list(deframe(neg_tibble_string)), .GlobalEnv)