我想使用IPython notebook 作为一种交互式分析我使用 Biopython 的GenomeDiagram 模块制作的一些基因组图表的方法。虽然有大量文档介绍如何使用 matplotlib 在 IPython 笔记本中获取内联图形，但 GenomeDiagram 使用 ReportLab 工具包，我认为 IPython 中的内联图形不支持该工具包。
然而，我在想，解决这个问题的一种方法是将绘图/基因组图写到一个文件中，然后打开内联图像，这将具有相同的结果，如下所示：
gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")
但是，我不知道如何做到这一点 - 也不知道这是否可能。那么有人知道是否可以在 IPython 中打开/显示图像吗？
【问题讨论】：
标签： python jupyter-notebook ipython
这是解决方案，但它会打开正在等待的新窗口
cv2.imshow('test',image)
cv2.waitKey()
cv2.destroyAllWindows()
【讨论】：
如果您希望将图像从本地主机嵌入到 ipython 笔记本中，您可以执行以下操作：
首先：查找当前本地路径：
# show current directory
import os
cwd = os.getcwd()
cwd
例如结果是：
'C:\\Users\\lenovo\\Tutorials'
接下来，按如下方式嵌入图片：
from IPython.display import display
from PIL import Image
path="C:\\Users\\lenovo\\Tutorials\\Data_Science\\DS images\\your_image.jpeg"
display(Image.open(path))
确保在 jpg、jpeg 或 png 中选择正确的图像类型。
【讨论】：
另一个选择是：
from matplotlib import pyplot as plt
from io import BytesIO
from PIL import Image
import Ipython
f = BytesIO()
plt.savefig(f, format='png')
Ipython.display.display(Ipython.display.Image(data=f.getvalue()))
f.close()
【讨论】：
从图像数组内联绘制的另一个选项可能是：
import IPython
def showimg(a):
IPython.display.display(PIL.Image.fromarray(a))
其中 a 是一个数组
a.shape
(720, 1280, 3)
【讨论】：
from IPython.display import Image
Image(filename =r'C:\user\path')
我已经看到了一些解决方案，有些由于原始目录而无法工作，在添加上述代码时，请记住在目录前添加'r'。这应该避免这种错误：(unicode error) 'unicodeescape' codec can't decode bytes in position 2-3: truncated \UXXXXXXXX escape
【讨论】：
如果你想有效地显示大量图像，我建议使用IPyPlot package
import ipyplot
ipyplot.plot_images(images_array, max_images=20, img_width=150)
该包中还有一些其他有用的功能，您可以在交互式选项卡中显示图像（每个标签/类的单独选项卡），这对所有 ML 分类任务非常有帮助。
【讨论】：
您可以在 markdown 部分的 html 代码中使用： 示例：
<img src="https://www.tensorflow.org/images/colab_logo_32px.png" />
【讨论】：
.ipnb markdown 部分或README.md 引用图像相对于项目目录的路径。 <img src='project_dir/docs/imgs/123.png' />
使用标准 numpy、matplotlib 和 PIL 的更简洁的 Python3 版本。合并从 URL 打开的答案。
import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import numpy as np
pil_im = Image.open('image.png') #Take jpg + png
## Uncomment to open from URL
#import requests
#r = requests.get('https://www.vegvesen.no/public/webkamera/kamera?id=131206')
#pil_im = Image.open(BytesIO(r.content))
im_array = np.asarray(pil_im)
plt.imshow(im_array)
plt.show()
【讨论】：
这将在 Jupyter 中导入并显示 .jpg 图像（在 Anaconda 环境中使用 Python 2.7 测试）
from IPython.display import display
from PIL import Image
path="/path/to/image.jpg"
display(Image.open(path))
在 Anaconda 中，这是通过键入来完成的
conda install pillow
【讨论】：
【讨论】：
from IPython.display import Image 应该从 0.13 开始工作。
from IPython.core.display import Image, display display(Image(filename='test.png'))
jupyter nbconvert mynotebook.ipynb --to slides --post serve 运行），则图像路径应以 / 开头，以便它是来自网络的绝对路径根，即
将 GenomeDiagram 与 Jupyter (iPython) 一起使用时，显示图像的最简单方法是将 GenomeDiagram 转换为 PNG 图像。这可以使用 IPython.display.Image 对象进行包装，使其显示在笔记本中。
from Bio.Graphics import GenomeDiagram
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation
from IPython.display import display, Image
gd_diagram = GenomeDiagram.Diagram("Test diagram")
gd_track_for_features = gd_diagram.new_track(1, name="Annotated Features")
gd_feature_set = gd_track_for_features.new_set()
gd_feature_set.add_feature(SeqFeature(FeatureLocation(25, 75), strand=+1))
gd_diagram.draw(format="linear", orientation="landscape", pagesize='A4',
fragments=1, start=0, end=100)
Image(gd_diagram.write_to_string("PNG"))
【讨论】：
感谢this 页面，我发现当上面的建议不起作用时，这很有效：
import PIL.Image
from cStringIO import StringIO
import IPython.display
import numpy as np
def showarray(a, fmt='png'):
a = np.uint8(a)
f = StringIO()
PIL.Image.fromarray(a).save(f, fmt)
IPython.display.display(IPython.display.Image(data=f.getvalue()))
【讨论】：
注意，到目前为止发布的解决方案仅适用于 png 和 jpg！
如果您希望在不导入更多库的情况下更轻松，或者您想在 Ipython Notebook 中显示动画或非动画 GIF 文件。将要显示的行转换为 markdown 并使用这个漂亮的简短技巧！
【讨论】：
如果您尝试在循环中以这种方式显示 Image，则需要将 Image 构造函数包装在 display 方法中。
from IPython.display import Image, display
listOfImageNames = ['/path/to/images/1.png',
'/path/to/images/2.png']
for imageName in listOfImageNames:
display(Image(filename=imageName))
【讨论】：