具有派生数据类型的 MPI_ALLGATHERV答案

【问题标题】：MPI_ALLGATHERV with derived data types具有派生数据类型的 MPI_ALLGATHERV
【发布时间】：2014-01-04 05:16:43
【问题描述】：

我正在尝试使用派生数据类型来使用MPI_ALLGATHERV。实际上，我必须以以下形式传递小块 3D 数组：

  SS(IIST:IIEND,JJST:JJEND,KKST:KKEND)

这里，IIST、IIEND、JJST、JJEND、KKST、KKEND 是每个进程的本地索引。所以我尝试以以下形式定义派生数据类型：

  INTEGER :: MPII,MPJJ,MPKK

  CALL MPI_TYPE_CONTIGUOUS(IIEND-IIST+1,MPI_DOUBLE_PRECISION,MPII,IERR)
  CALL MPI_TYPE_CONTIGUOUS(JJEND-JJST+1,MPII,MPJJ,IERR)
  CALL MPI_TYPE_CONTIGUOUS(KKEND-KKST+1,MPJJ,MPKK,IERR)            
  CALL MPI_TYPE_COMMIT(MPKK,IERR)

现在，我正在定义一个位移数组，它对MPI_ALLGATHERV 中使用的每个进程都是可见的。进程总数为 27，编号为 0-26。

  DO NT=0,26
  DISPL(1)=0
  IF (NT.GT.0) DISPL(NT+1)= DISPL(NT)+1 
  ENDDO

现在，我正在使用以下语法执行MPI_ALLGATHERV：

  CALL MPI_ALLGATHERV(SS(IIST:IIEND,JJST:JJEND,KKST:KKEND),SPANX*SPANY*SPANZ,MPI_DOUBLE_PRECISION,SS(1,1,1),1,DISPL,MPKK,MPI_COMM_WORLD,IERR)

这给了我错误。此问题中的任何指示都将非常有帮助和赞赏。

【问题讨论】：

问题可能来自recvcount这个参数。它应该是一个 27 个整数的数组，你写了 SS(1,1,1),1,DISPL, mcs.anl.gov/research/projects/mpi/www/www3/MPI_Allgatherv.html
谢谢弗朗西斯。现在错误消失了，但输出仍然不正确。
您的数组中是否有垃圾或数字放错了位置？我还发现了这个问题及其答案：stackoverflow.com/questions/17508647/… 和 mcs.anl.gov/research/projects/mpi/www/www3/…。这些代码和函数可能有助于获得正确的布局。
我会尝试并很快回到这里。

标签： fortran mpi

【解决方案1】：

  spanx = iiend-iist+1
  spany = jjend-jjst+1
  spanz = kkend-kkst+1

  oldsize = (/spanx,spany,spanz/)
  newsize = (/spanx,spany,spanz/) 
  starts  = (/0,0,0/) 

  CALL MPI_TYPE_CREATE_SUBARRAY(3,OLDSIZE,NEWSIZE,STARTS,MPI_ORDER_FORTRAN,MPI_DOUBLE_PRECISION,ARR,IERR)
  CALL MPI_TYPE_COMMIT(ARR,IERR)

  DO NT=0,26
  DISPL(1)=0
  IF (NT.GT.0) DISPL(NT+1)= DISPL(NT)+1 
  SIZECC(NT)=1
  ENDDO

  CALL MPI_ALLGATHERV(SS(IIST:IIEND,JJST:JJEND,KKST:KKEND),SPANX*SPANY*SPANZ,MPI_DOUBLE_PRECISION,SS(1,1,1),SIZECC,DISPL,ARR,MPI_COMM_WORLD,IERR)

输出仍然不匹配。我认为置换数组有问题。

【讨论】：