mpi_gather 结构答案

【问题标题】：mpi_gather structurempi_gather 结构
【发布时间】：2012-08-03 00:43:53
【问题描述】：

我正在尝试使用 qsort 对键值对进行排序。每个 proc 都以文件名作为 proc id 读取文件。 MPI_Gather 将所有读取的值发送到 proc 0，它对键进行排序并将键值对存储在名为“输出”的文件中。然而，聚集似乎不起作用。任何帮助表示赞赏。谢谢！

我将代码运行为

  mpirun -np 3 ./a.out

我的输入文件是：文件“0”：

21 bbbb  
2119 iiii
120 hhhh

文件“1”：

40 dddd 
10 aaaa
100 gggg

文件“2”：

32 cccc
44 eeee
99 ffff

代码是：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <mpi.h>

#define BUFSIZE 3
#define BUFLEN 255

struct keyval{
int key;
char val[BUFLEN];
};

typedef struct keyval keyval_s;

typedef int (*compareptr)(const void*, const void*);

int compare (keyval_s * a, keyval_s * b)
{
  return ( a->key - b->key );
}

int main (int argc, char *argv[])
{    
  int values[BUFSIZE];
  keyval_s kv[BUFSIZE], *recv;
  int n, i=0, temp;
  FILE *in, *out;

  int rank, size;
  MPI_Init(&argc, &argv);
  MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
  MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
  char filename[20];
  char data[20];

  if(rank ==0){
recv = (keyval_s *) malloc (size*BUFSIZE*sizeof(keyval_s));
   }

  sprintf(filename, "%d", rank);
  in=fopen(filename,"r");
  while(fscanf(in,"%d %s",&kv[i].key, kv[i].val) != EOF){
printf("Read key %d, data %s from file\n", kv[i].key, kv[i].val);   
i++;
  }
  MPI_Gather(kv,BUFSIZE,MPI_BYTE,recv,BUFSIZE,MPI_BYTE,0,MPI_COMM_WORLD);
  if(rank==0){
 qsort ((void*)&kv, BUFSIZE, sizeof(keyval_s),(compareptr) compare);
 out=fopen("Output","w");
 for (n=0; n<BUFSIZE*size; n++)
    fprintf (out,"%d %s\n",recv[n].key, recv[n].val);
free(recv);
fclose(out);
   }
fclose(in);
return 0;   
}

【问题讨论】：

标签： mpi

【解决方案1】：

MPI_Gather 中的数据大小不正确。应该是

MPI_Gather(kv, 
           sizeof(keyval_s)*BUFSIZE, 
           MPI_BYTE,
           recv, 
           sizeof(keyval_s)*BUFSIZE, 
           MPI_BYTE, 
           0, 
           MPI_COMM_WORLD);

请注意，MPI_Gather 中的 recvcount 参数是针对来自单个排名的消息，而不是所收集数据的总大小。

【讨论】：