MPI_Comm_Rank 的分段错误答案

【问题标题】：Segmentation fault with MPI_Comm_RankMPI_Comm_Rank 的分段错误
【发布时间】：2020-07-21 14:15:22
【问题描述】：

我必须编写几年前使用 MPI 和 PETSc 编写的代码。当我尝试运行它时，函数 MPI_Comm_rank() 出现错误。这是代码的开头：

int main(int argc,char **argv)
{
    double mesure_tps2,mesure_tps1;
    struct timeval tv;
    time_t curtime2,curtime1;
    
    char help[] = "Solves linear system with KSP.\n\n";  // NB: Petsc est defini dans "fafemo_Constant_Globales.h"


    std::cout<< "d�but PetscInitialize" <<std::endl;
    (void*) PetscInitialize(&argc,&argv,(char *)0,help);
    std::cout<< "d�but PetscInitialize fait" <<std::endl;

    int world_rank;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);

    PetscFinalize();

}

显然，在 MPI_Comm_rank() 和 PetscFinalize() 之间有一些代码。 PetscInitialize 和 PetscFinalize 分别调用 MPI_INIT 和 MPI_FINALIZE。

在我的 makefil 我有：

PETSC_DIR=/home/thib/Documents/bibliotheques/petsc-3.13.2
PETSC_ARCH=arch-linux-c-debug
include ${PETSC_DIR}/lib/petsc/conf/variables
include ${PETSC_DIR}/lib/petsc/conf/rules

PETSC36 = -I/home/thib/Documents/bibliotheques/petsc-3.13.2/include -I/home/thib/Documents/bibliotheques/petsc-3.13.2/arch-linux-c-debug/include

Mpi_include=-I/usr/lib/x86_64-linux-gnu/openmpi

#a variable with some files names
fafemo_files = fafemo_CI_CL-def.cc fafemo_Flux.cc fafemo_initialisation_probleme.cc fafemo_FEM_setup.cc fafemo_sorties.cc fafemo_richards_solve.cc element_read_split.cpp point_read_split.cpp read_split_mesh.cpp


PETSC_KSP_LIB_VSOIL=-L/home/thib/Documents/bibliotheques/petsc-3.13.2/  -lpetsc_real -lmpi -lmpi++

fafemo:    ${fafemo_files} fafemo_Richards_Main.o
    g++ ${CXXFLAGS} -g -o fafemo_CD ${fafemo_files} fafemo_Richards_Main.cc ${PETSC_KSP_LIB_VSOIL} $(PETSC36) ${Mpi_include}

使用 g++ 或 mpic++ 似乎没有任何改变。

它可以编译，但是当我尝试执行时，我有：

[thib-X540UP:03696] Signal: Segmentation fault (11)
[thib-X540UP:03696] Signal code: Address not mapped (1)
[thib-X540UP:03696] Failing at address: 0x44000098
[thib-X540UP:03696] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x3efd0)[0x7fbfa87e4fd0]
[thib-X540UP:03696] [ 1] /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi.so.20(MPI_Comm_rank+0x42)[0x7fbfa9533c42]
[thib-X540UP:03696] [ 2] ./fafemo_CD(+0x230c8)[0x561caa6920c8]
[thib-X540UP:03696] [ 3] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xe7)[0x7fbfa87c7b97]
[thib-X540UP:03696] [ 4] ./fafemo_CD(+0x346a)[0x561caa67246a]
[thib-X540UP:03696] *** End of error message ***
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mpirun noticed that process rank 0 with PID 0 on node thib-X540UP exited on signal 11 (Segmentation fault).
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另外，我的电脑上还有其他 MPI 程序，我从来没有遇到过这样的问题。有谁知道我为什么会得到这个？

【问题讨论】：

您可能正在混合使用 Open MPI 包含文件（在您的 Makefile 中）和 petsc 使用的基于 mpich 的库。尝试在您的 petsc 库上运行 ldd 以仔细检查内部使用了哪个 MPI 实现。
好的，我明白了。但我不明白“尝试在您的 petsc 库上运行 ldd”。抱歉，我对 petsc 很陌生，必须使用代码来使用它。此外，我尝试提供 petsc 文件夹中文件 mpi.h 的路径，以确保 #include "mpi.h" 已使用该文件完成。还是不行
如果您注释掉MPI_Comm_rank() 调用，您的代码还会崩溃吗？
@GillesGouaillardet 它稍后会崩溃，因为需要变量 world_rank
我还更改了 PetscInitialize() 和 PetscFinalize() 以使用 MPI_INIT() 和 MPI_FINALIZE。我仍然有错误

标签： c++ makefile mpi

【解决方案1】：

如果有人有同样的问题：当我安装 PETSc 时，我使用 --download-mpich 运行 ./configure，而我的计算机上已经安装了 mpi。为了解决这个问题，我执行了“rm -rf ${PETSC_ARCH}”并再次运行 ./configure。

【讨论】：