将 Cytoscape Desktop 3.1 BETA 导出的 JSON 文件 (.cyjs) 导入 Cytoscape.js

Question

我使用内置导出器从 Cytoscape 3.1 BETA 3 将蛋白质-蛋白质网络导出到 JSON (cyjs) 文件。我尝试使用 Cytoscape.js 库将此 cyjs 文件导入 Web 应用程序，但失败了。

我昨天在这里阅读了 gcpdev (Exporting and importing JSON data to Cytoscape.js) 提出的问题，但它对我没有帮助。

导入的 JavaScript 库：jQuery-1.11、Cytoscape.js、Arbor、Arbor-tween。 我的代码是：

<script type="text/javascript">

$('#cy').cytoscape({
  layout: {
    name: 'arbor',
    liveUpdate: true, 
  },

   ready: function(){

     window.cy = this;
     var jsonfile = "src/inside_sc.cyjs";

     $(document).ready(function() {

       $.getJSON(jsonfile, function(json) {
         cy.add( JSON.parse( json ) );
       });

     });

   }
});

</script>

我总是在 Chrome 控制台上收到这样的错误消息：

Uncaught SyntaxError: Unexpected token o      index.html:38
  (anonymous function)                        index.html:38
  j                                           jquery-1.11.0.min.js:2
  k.fireWith                                  jquery-1.11.0.min.js:2
  x                                           jquery-1.11.0.min.js:4
  b                                           jquery-1.11.0.min.js:4

index.html 是我的文件，第 38 行是：

 cy.add( JSON.parse( json ) );

我收到了相同的错误消息，但发生了更改。如果我添加一些样式和基本节点和边缘，也不管$.parseJSON() 函数。

我尝试将这一行改为cy.add( json ); 结果和上面提到的问题一样：

 An element must be of type `nodes` or `edges`; you specified `undefined`
 Uncaught TypeError: Cannot read property 'single' of undefined

当我尝试向控制台显示 JSON 信息时，例如 console.log( json );，它可以正常工作。

我的脚本有什么问题？我该怎么办？

Answer 1

据我所知，从 Cytoscape-desktop 导出的 JS 不是 cy.add() 或 init 选项的直接替代品。您需要检查 Cytoscape-desktop 生成的文件，并在 init 选项 (options.elements) 中指定 JSON 中元素的路径。