如何使用 R plotly 在一个图上绘制多个填充的置信带答案

【问题标题】：How to draw multiple filled confidence bands on one plot using R plotly如何使用 R plotly 在一个图上绘制多个填充的置信带
【发布时间】：2020-09-25 05:30:50
【问题描述】：

我尝试使用以下代码在一个绘图上绘制两个填充带，但 plotly 没有填充在正确的一对线之间。这样做的正确方法是什么？

如果知道如何指定理想的透明度来处理两个波段的重叠，我也将不胜感激。

require(plotly)
x <- c(1, 2, 1, 2)
g <- c('a','a','b','b')
y <- c(1, 2, 3, 4)
lo <- y - .1
hi <- y + .1

a <- plot_ly(x=x, y=y, group=g)
a <- add_trace(a, x=x, y=lo, group=g, fill='tonexty')
a <- add_trace(a, x=x, y=hi, group=g)
a

【问题讨论】：

标签： r plotly

【解决方案1】：

我不完全确定您希望您的情节是什么样子，但您可以尝试使用geom_ribbon 函数在ggplot2 中创建情节。然后使用ggplotly 将绘图转换为plotly 图形：

df <- data.frame(
  x, g, y, lo, hi
)

plot <- ggplot(data=df, aes(x=x, y=y, colour=g)) + geom_line(aes(x=x)) +
  geom_ribbon(aes(ymin=lo,ymax=hi), alpha=0.25) 

ggplotly(plot)

【讨论】：

这是我一直使用的方法；我只是在我的一个 R 包中发现，将多个 plotly 图放在一起会导致部分图像丢失，我想直接使用 plotly 更好地控制输出。

【解决方案2】：

fill = "tonexty" 根据之前的跟踪进行填充。因此，让每个组从 hi 到 lo 填充的一种方法是明确地对调用进行排序：

a <- plot_ly(x=x, y=y, group=g)
a <- add_trace(a, x = x[g=="a"], y = lo[g=="a"], group = g[g=="a"])
a <- add_trace(a, x = x[g=="a"], y = hi[g=="a"], group = g[g=="a"], fill = 'tonexty')
a <- add_trace(a, x = x[g=="b"], y = lo[g=="b"], group = g[g=="b"])
a <- add_trace(a, x = x[g=="b"], y = hi[g=="b"], group = g[g=="b"], fill = 'tonexty')

指定透明度的一种方法是使用toRGB

a <- plot_ly(x=x, y=y, group=g)
a <- add_trace(a, x = x[g=="a"], y = lo[g=="a"], group = g[g=="a"])
a <- add_trace(a, x = x[g=="a"], y = hi[g=="a"], group = g[g=="a"], fill = 'tonexty',
         fillcolor = toRGB("red", 0.1))
a <- add_trace(a, x = x[g=="b"], y = lo[g=="b"], group = g[g=="b"])
a <- add_trace(a, x = x[g=="b"], y = hi[g=="b"], group = g[g=="b"], fill = 'tonexty',
         fillcolor = toRGB("blue", 0.7))
a

【讨论】：

感谢您理解音调的误解。有没有办法让 group= 或 color= 完成自动分成 2 个组的工作？
@FrankHarrell 嗯，我不确定是否有。也许有办法使用lapply，但我得考虑一下。
这意味着add_trace 在开始一个新多边形时不是“组感知”的，对吧？
@FrankHarrell 好像是这样。
@FrankHarrell FWIW，这将允许您不明确指定每个组，但这显然效率低下且不理想。不确定它是否对您有用：a <- lapply(unique(g), function(ii) { a <<- add_trace(a, x = x[g==ii], y = lo[g==ii], group = g[g==ii]); a <<- add_trace(a, x = x[g==ii], y = hi[g==ii], group = g[g==ii], fill = 'tonexty') }); a[[length(a)]]

【解决方案3】：

x <- c(1, 2, 1, 2)
g <- c('a','a','b','b')
y <- c(1, 2, 3, 4)
lo <- y - .1
hi <- y + .1
df <- cbind.data.frame(x,y,g,lo,hi)
g.uni <- unique(df$g)

fig <- df %>%
        plot_ly(type = "scatter",
        mode = "lines",
        showlegend = FALSE)

for(i in g.uni){
      fig <- fig  %>%
               add_fun(function(plot) {
                  plot %>% 
                  filter(g == i) %>%
                  add_ribbons(x = ~x,
                      ymin = ~lo,
                      ymax = ~hi
                  ) %>%
                  add_lines(
                   x = ~x,
                   y = ~y,
                   line = list(
                            color = "black",
                            dash = "dot"
                            )
                         )
                  }
               )
}
print(fig)

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【讨论】：