如何在 R corrgram 中有轴标签？

Question

我想在 x 轴和 y 轴上有水平和垂直标签，请参阅以下伪代码。 Henrik 对相关线程 2013 的评论是关于关闭对角线标签，然后尝试关联轴的标签，但我不想关闭对角线标签

您可以通过设置标签 = NULL 来关闭对角线标签。然后您可以尝试使用文本在您希望的位置添加标签

library("corrgram")
ids <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18)
# https://cran.r-project.org/web/packages/corrgram/vignettes/corrgram_examples.html
corrgram(baseball,main="Baseball data PC2/PC1 order") +
          xlab("Patient 1 ID") +
          ylab("Patient 2 ID") +
          scale_x_discrete(labels = ids) +
          scale_y_discrete(labels = ids)

图。 1个测试数据

测试 JayT 的提案

最好用所有可能的参数重载第一个参数位置，然后在新函数中只有一个额外的参数ids；伪代码

# https://stackoverflow.com/a/40387233/54964
corrgramLabels <- function(x, ids){
        corrgram(x=x)
        mtext("Patient 1 ID", side = 1, line = 4)
        mtext("Patient 2 ID", side = 2, line = 3)
        x_at <- seq(0.075, 0.925, length.out = length(ids))
        y_at <- seq(0.075, 0.91, length.out = length(ids))
        axis(1, at=x_at, labels=x_labels, line = 1.5, tick=F, cex.axis=.7)
        axis(2, at=y_at, labels=y_labels, line = 1, tick=F, cex.axis=.7)
}

尝试使用但出现以下错误

corrgramLabels(M,
  upper.panel=panel.pie,
  lower.panel=panel.shade,
  text.panel=panel.txt,
  order=NULL,
  diag.panel=panel.minmax,
  main=title)

错误

Error in corrgramLabels(M, upper.panel = panel.pie, lower.panel = panel.shade,  : 
  unused arguments (upper.panel = panel.pie, lower.panel = panel.shade, text.panel = panel.txt, order = NULL, diag.panel = panel.minmax, main = title)
Execution halted

解决方案建议

我实际上认为最好的解决方案是独立于corrgram 的函数。在corrgram() 之后启动一个函数createLabels()，你就会得到结果。这可能吗？

操作系统：Debian 8.5
R：3.3.1
相关：Corrgram Package Horizontal and Vertical Labels

Answer 1

对于轴，您可以使用 mtext（m 表示边距区域；文本不起作用）：

library("corrgram")
ids <- seq(1, 18)
corrgram(baseball,main="Baseball data PC2/PC1 order")

mtext("Patient 1 ID", side = 1, line = 4)
mtext("Patient 2 ID", side = 2, line = 3)

您可以使用 line 参数来增加或减少与实际绘图的距离。

标签更难。您可以使用 mtext 或轴来完成，但如果您调整图形的大小，它将不适合其余部分。所以这并不是最理想的。如果你知道你的身材有多大，它应该仍然有效；例如 800x800 像素，优化位置（at 参数）：

axis(1, at=seq(0.09, 0.91, length.out = length(ids)),
     labels=as.character(ids), line = 1.5, tick=F, cex.axis=.7)
axis(2, at=seq(0.08, 0.88, length.out = length(ids)),
     labels=as.character(ids), line = 1, tick=F, cex.axis=.7)

图形输出： Test data with axes and labels

为了获得更好的解决方案，您可能需要查看函数内部并找出框的绘制方式和位置。

Masi 评论后编辑： 当然我们可以围绕它构建一个函数：

corrgramMasi <- function(x, main, xlab, ylab, x_labels, y_labels, x_at, y_at){
  corrgram(x=x, main=main)
  mtext(xlab, side = 1, line = 4)
  mtext(ylab, side = 2, line = 3)
  axis(1, at=x_at, labels=x_labels, line = 1.5, tick=F, cex.axis=.7)
  axis(2, at=y_at, labels=y_labels, line = 1, tick=F, cex.axis=.7)
}

使用调整“at”参数值的函数以800x800像素的分辨率保存图形的说明：

x_at <- seq(0.075, 0.925, length.out = length(ids))
y_at <- seq(0.075, 0.91, length.out = length(ids))
png("corrgramMasi.png", width=800, height=800)
  corrgramMasi(baseball, "Baseball data PC2/PC1 order", xlab="Patient 1 ID",
               ylab="Patient 2 ID", x_labels=ids, y_labels=ids, x_at=x_at, y_at=y_at)
dev.off()

如果你有几个 corrgrams，你可以只使用 Map 并专门更改参数。在这种情况下，我只需使用棒球数据集两次并更改标题，但保持所有其他变量不变：

Map(corrgramMasi, x=list(baseball, baseball), main=list("title 1", "title 2"), 
    xlab="Patient 1 ID", ylab="Patient 2 ID", x_labels=ids, y_labels=ids,
    x_at=x_at, y_at=y_at)

如果你有 10 个 corrgram，那么只需将数据放入 x 列表并更改标题（或将它们设置为常量值）。如果要更改另一个值（例如 xlab），则必须使用具有相应值的列表，例如xlab=list("xlab for corrgram 1", "xlab for corrgram 2", ...).

但如前所述，这里的“at”参数有点脏，所以这肯定不是最好的解决方案。

编辑 2：根据 Masi 的建议，最好使用单独的函数来创建标签：

createLabels <- function(xlab, ylab, x_labels, y_labels, x_at, y_at){
  mtext(xlab, side = 1, line = 4)
  mtext(ylab, side = 2, line = 3)
  axis(1, at=x_at, labels=x_labels, line = 1.5, tick=F, cex.axis=.7)
  axis(2, at=y_at, labels=y_labels, line = 1, tick=F, cex.axis=.7)
}

然后在制作corrgram后调用createLabels：

corrgram(baseball,main="Baseball data PC2/PC1 order")
createLabels(xlab="Patient 1 ID", ylab="Patient 2 ID", x_labels=ids,
             y_labels=ids, x_at=x_at, y_at=y_at)