R：gganimate 与 geom_density

Question

我正在尝试使用gganimate 创建动画图。我的默认图，静态类似于：

但我有 12 个（第 0 年、第 1 年、第 2 年等），而不是 3 个分组变量。我不想将所有 12 个变量绘制在一起，而是对其进行动画处理。避免：

这些内核密度图如下所示：

data_decidious %>% tidyr::gather("YEAR", "NDVI", colsPostNDVI) %>%    
  mutate(YEAR = str_remove(YEAR, 'meanNDVIyear')) %>% mutate(YEAR = str_remove(YEAR, 'meanprefire_NDVI')) %>% mutate(YEAR = as.factor(YEAR)) %>%    
  ggplot(aes(NDVI,fill=YEAR)) + geom_density(alpha=.2) + xlim(0.3, 0.7) + ylim(0,46) +
  xlab("Mean NDVI") + ylab("Kernal density") + guides(fill=guide_legend(title="Comparative"))

我发现这个geom_density() 仅在我添加mutate(YEAR = as.factor(YEAR)) 时才有效。这意味着当我添加：

transition_time(YEAR) + ease_aes('linear')

我得到错误：

Error: time data must either be integer, numeric, POSIXct, Date, difftime, orhms
In addition: Warning message:
In min(cl[cl != 0]) : no non-missing arguments to min; returning Inf

有什么想法可以让我的图表动起来吗？

Answer 1

无需将YEAR 转换为因子。相反，只需将factor(YEAR) 映射到fill。这样你就可以在过渡时间内使用YEAR，一切都很好。

使用gapminder::gapminder 数据集作为示例数据，以下代码绘制并动画显示了全球预期寿命随时间的密度。

（顺便说一句：您可以直接在fill 上映射YEAR 而不是使用分类色标，以获得连续色标。但是，在这种情况下，您还必须在group 美学上映射YEAR ):

library(ggplot2)
library(dplyr)
library(gganimate)

p <- gapminder::gapminder %>% 
  ggplot(aes(lifeExp, fill = factor(year))) + 
  geom_density(alpha=.2) + 
  xlab("Life Expectancy") + 
  ylab("Kernal density") +
  guides(fill = guide_legend(title = "Year"))

p + 
  transition_time(year) + 
  ease_aes('linear')

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2020-04-17 创建}

编辑：

据我所知，在没有看到您的数据集的情况下，您必须像这样调整您的代码（通过检查您的代码，我猜 YEAR 是一个字符。所以您必须将其转换为整数）：

data_long <- data_decidious %>% 
  tidyr::gather("YEAR", "NDVI", colsPostNDVI) %>%    
  mutate(YEAR = str_remove(YEAR, 'meanNDVIyear')) %>% 
  mutate(YEAR = str_remove(YEAR, 'meanprefire_NDVI')) %>% 
  # Convert YEAR to integer
  mutate(YEAR = as.integer(YEAR)) 

p <- data_long %>%    
  ggplot(aes(NDVI,fill=factor(YEAR))) + 
  geom_density(alpha=.2) + 
  xlim(0.3, 0.7) + 
  ylim(0,46) +
  xlab("Mean NDVI") + 
  ylab("Kernal density") + 
  guides(fill=guide_legend(title="Comparative"))

p + 
  transition_time(YEAR) + 
  ease_aes('linear')

anim_save("test.gif")