在awk中划分浮点数答案

【问题标题】：Divide floats in awk在awk中划分浮点数
【发布时间】：2016-02-02 20:54:56
【问题描述】：

我编写了一个代码来计算 zscore，它计算一个文件的平均值和标准差，并使用另一个文件中的行中的一些值，如下所示：

 mean=$(awk '{total += $2; count++} END {print total/count}' ABC_avg.txt)
#calculating mean of the second column of the file
std=$(awk '{x[NR]=$2; s+=$2; n++} END{a=s/n; for (i in x){ss += (x[i]-a)^2} sd = sqrt(ss/n); print sd}' ABC_avg.txt)
#calculating standard deviation from the second column of the same file
awk '{if (std) print $2-$mean/$std}' ABC_splicedavg.txt" > ABC.tmp
#calculate the zscore for each row and store it in a temporary file
zscore=$(awk '{total += $0; count++} END {if (count) print total/count}' ABC.tmp)
#calculate an average of all the zscores in the rows and store it in a variable 
echo $motif"  "$zscore
rm ABC.tmp

但是，当我执行此代码时，在创建临时文件的步骤中，我收到一个错误 致命：除零尝试，实现此代码的正确方法是什么？ TIA 我使用了 bc -l 选项，但它给出了一个非常长的浮点整数版本。

【问题讨论】：

bash 变量在 awk 单引号中不可见。您必须使用 -v 选项定义它们。但是，更好的是重新设计，以便在同一个脚本中计算所有内容，这样您就不需要在脚本之间传递变量。

标签： awk floating-point division

【解决方案1】：

这是一个一次性计算均值和标准差的脚本，如果不可接受，您可能会失去一些分辨率，但有替代方案...

$ awk '{print rand()}' <(seq 100) 
  | awk '{sum+=$1; sqsum+=$1^2}
      END{print mean=sum/NR, std=sqrt(sqsum/NR-mean^2), z=mean/std}' 

0.486904 0.321789 1.51312

每个样本的 z-score 脚本是错误的！你需要做 ($2-mean)/std。

【讨论】：

我一直在这样做：awk '{if (std) print $2-$mean/$std}' ABC_splicedavg.txt" > ABC.tmp
$mean 或 $std 并不是您认为的脚本中的内容。它们未在单引号内定义。您需要使用-v mean=${mean} .. 将它们传递给awk，并在脚本中不使用美元前缀。

【解决方案2】：

您可以通过使用scale 变量来控制 bc 输出的精度：

$ echo "4/7" | bc -l
.57142857142857142857
$ echo "scale=3; 4/7" | bc -l
.571

【讨论】：