如何在 Nextflow 中运行 Python 脚本答案

【问题标题】：How to run Python Script in Nextflow如何在 Nextflow 中运行 Python 脚本
【发布时间】：2020-10-14 03:09:57
【问题描述】：

我是 Nextflow 的新手，我尝试在 Nextflow 中运行 Python 脚本。因此，我将 Python 脚本存储在与 Nextflow 管道相同的文件夹中并尝试运行它，但我总是收到此错误：.command.sh: line 2: ./example.py: No such file or directory。有没有人遇到过同样的问题并且能够解决？

我的流程如下所示：

#!/usr/bin/env nextflow

input_ch = Channel.fromPath('data/*.txt')

process foo {

    input:
    file x from input_ch

    output:
    file "$x" into outputt_ch

    """
    ./example.py ${x}
    """

}

P.S.：我的 Python 脚本可以从终端执行！

提前谢谢你！

【问题讨论】：

标签： python-3.x workflow nextflow

【解决方案1】：

Nextflow 在单独的工作目录中运行每个任务。因此./example.py 将不起作用。您必须使用example.py 并使脚本可以通过系统PATH 访问或将其复制到项目bin/ 目录中。

【讨论】：

【解决方案2】：

另一种解决方案是使用projectDir 变量。例如，

#!/usr/bin/env nextflow

input_ch = Channel.fromPath('data/*.txt')
project_dir = projectDir

process foo {

    input:
    file x from input_ch

    output:
    file "$x" into outputt_ch

    """
    python $project_dir/example.py ${x}
    """

}

【讨论】：