如何使用 nextflow 在 awk 脚本中包含来自另一个文件的函数答案

【问题标题】：How to inlcude functions from another file in a awk script using nextflow如何使用 nextflow 在 awk 脚本中包含来自另一个文件的函数
【发布时间】：2019-11-16 02:11:57
【问题描述】：

根据 Nextflow 文档，我将 awk 脚本放在 bin/ 文件夹中。一些脚本共享相同的函数，所以我编写了一个文件，其中只包含我通常使用的 awk 函数：

@include "relative/path/to/lib.awk"

但是由于脚本在 nextflow 工作目录中运行，因此相对路径不再起作用。我也尝试将库文件放入bin/，但效果不佳。

我应该如何进行？我不想在脚本中复制/粘贴函数，也不想硬编码绝对路径。

【问题讨论】：

可以使用 workflow.projectDir/path/to/awk 吗？
感谢您的提示，我不知道workflow.projectDir
很高兴为您提供帮助

标签： awk nextflow

【解决方案1】：

感谢@Pallie 提供有关workflow.projectDir 的提示。关于这个变量的文档是here（我以为我到处找，不清楚我能做到这一点），这个答案也有帮助：https://stackoverflow.com/a/28463193/2849598。

awk 可以在AWKPATH 中加载库文件，我的文件在lib/ 中，所以，对于下一个流程：

process my_process {
  input:
  path input from input_channel

  output:
  path "output.txt"

  script:
  """
  export AWKPATH="$workflow.projectDir/lib"
  script.awk ${input} > output.txt
  """
}

在我的脚本顶部，我像这样调用库文件

@include "my_functions.awk"

【讨论】：