通过文件中的所有目录运行 Rscript答案

【问题标题】：Run Rscript through all directories in a file通过文件中的所有目录运行 Rscript
【发布时间】：2019-12-16 17:19:20
【问题描述】：

我有一个示例 Rscript 如下：

library(bio3d)
s2 <- read.pdb('test.pdb',rm.alt = FALSE)
write.pdb(s2,'test_changed.pdb')

我想通过所有包含以下文件的目录运行它：示例目录

Folder1
test.pdb

Folder2
test.pdb

想要的输出目录

Folder1
test.pdb
test_changed.pdb

Folder2
test.pdb
test_changed.pdb

如何每次从终端设置目录路径运行Rscript？

【问题讨论】：

标签： r shell unix

【解决方案1】：

我不使用 R，但假设您在终端中运行一个 R 脚本，如下所示：

rscript /path/to/YOURSCRIPT.R

那么我认为您希望这样的东西在包含名为test.pdb的文件的所有目录中运行相同的脚本：

find . -name test.pdb -execdir rscript /path/to/YOURSCRIPT.R \;

【讨论】：