R Markdown：使用for循环（或函数）时，visNetWork未显示在html输出中答案

【问题标题】：R Markdown: visNetWork not displayed in html output when using for loops (or functions)R Markdown：使用for循环（或函数）时，visNetWork未显示在html输出中
【发布时间】：2022-02-04 03:41:17
【问题描述】：

在 for 循环中尝试显示时，我的 visNetwork 根本不显示。在常规的 R 脚本中，我使用 print 函数，它工作得很好，但它在 R Markdown 文档中不起作用。

这是一个（希望是）可重现的例子：

---
title: "I want my beautiful networks back!"
---

# First example that works

```{r}
require(visNetwork, quietly = TRUE)
# minimal example
nodes <- data.frame(id = 1:3)
edges <- data.frame(from = c(1,2), to = c(1,3))
vn <- visNetwork(nodes, edges, width = "100%")
vn # Or print(vn)
```

# When does it not work?

## In a for loop

```{r}
for (i in 1) vn
```

## In a for loop + using print

This will display the network in the Viewer.

```{r}
for (i in 1) print(vn)
```

## And also in functions

Same remark...

```{r}
foo <- function(x) print(x)
foo(vn)
```

我使用的是 Rstudio 版本 1.1.383 和这是sessionInfo()的结果

R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6

other attached packages:
[1] visNetwork_2.0.2

【问题讨论】：

标签： r visnetwork

【解决方案1】：

我刚刚找到了一个解决方法，包括以下步骤：

将绘图另存为 HTML
在 RMD 文件中包含 HTML 代码

这里是一个例子：

```{r}
for (i in 1:3){
  visSave(vn, file = paste0("test",i,".html"))
}
```

```{r, results='asis'}
for (i in 1:3){
  cat(htmltools::includeHTML(paste0("test",i,".html")))
}
```

【讨论】：

非常感谢，我认为这个技巧在很多情况下都会对我有用！
圣牛... :-)
它是否只在我的 .Rmd 中打印 html 代码而不是网络，还是应该像那样工作？

【解决方案2】：

另一种解决方案是使用print(htmltools::tagList())

这会阻止 !DOCTOOLS 在输出中显示。

```{r}
for (i in 1) print(htmltools::tagList(vn))
```

我在使用 Datatables 时遇到了同样的问题/解决方案，@Yihui 在这里提供了解决方案：https://github.com/rstudio/DT/issues/67

编辑我已经意识到你至少需要在循环之外绘制一个 visnetwork，即在 print(htmltools::taglist()) 之外，否则不会添加要渲染的脚本到 html 文件。

【讨论】：

【解决方案3】：

您可以通过对字符串进行操作来删除 !DOCTYPE。

cat (as.character(htmltools::includeHTML(paste0("vn",".html"))) %>%
  {gsub("<!DOCTYPE html>","",.,fixed = TRUE)} %>%
  {sub("\n","",.)}
)

【讨论】：

【解决方案4】：

我遇到了同样的问题，但也想从命令行而不是在 RStudio 中编写我的 Rmd，以便轻松生成许多不同参数的报告，例如：

Rscript -e "rmarkdown::render('graphical-res-vis-reports.Rmd', \
      params = list(tissue = '${tissue}'), \
      output_file = sprintf('graphical-analysis-results_%s.html','${tissue}'))"

htmltools::includeHTML(html_path) 技巧在从 RStudio 中编织时效果很好，但是当我尝试从命令行编织它时它会吐出一个 pandoc 错误，因为它有效地连接了多个独立的 HTML，这不会产生有效的 HTML 格式. （编辑： pandoc 错误也可能是因为命令行中的 R 使用的 pandoc 版本比 RStudio 旧得多，但使用 iframe 仍然更干净。）

我终于找到了一个使用 iframe 的解决方案，效果很好。这是一个最小的可重现示例：

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title: "Finally, a way to print visNetworks in a loop!"
---

```{r make networks}
require(visNetwork, quietly = TRUE)
# minimal example
nodes <- data.frame(id = 1:3)
edges <- data.frame(from = c(1,2), to = c(1,3))

html_list <- c()
for (i in 1:3){
    vn <- visNetwork(nodes, edges)
    outfile <- sprintf("vn_%s.html", i)
    visSave(vn, file=outfile)
    html_list <- c(html_list, outfile)
}
```

```{r plot networks, results="asis"}
for (i in html_list){
    print(htmltools::tags$iframe(title = "My embedded document", 
          src = f, height = "650", width = "900", frameBorder = "0"))
}
```

编辑：请注意，更改 iframe 的高度和宽度不会从 HTML 文件调整对象的大小。但是，您可以通过简单的文本替换来增加 visNetwork HTML 对象的大小。在此示例中，我删除了空白填充并将大小从 960x500 更改为 960x960：

visSave(v1, file = out_html)

# adjust browser window size 
cmd = sprintf('sed -i \'s|"browser":{"width":960,"height":500,"padding":40,"fill":false}|"browser":{"width":960,"height":960,"padding":0,"fill":false}|\' %s', out_html)
system(cmd)

【讨论】：