从单个变量绘制水平灰度图的概率

Question

我想创建如下水平堆栈图

Arr1、Arr2、Arr3、Arr4 在 0-1 范围内，长度约为 50000。

长度为 10 的简短示例：

Array	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10
Arr1	0.1	0.1	0.1	0.2	0.2	0.2	0.7	0.7	0.4	0.7
Arr2	0.6	0.6	0.6	0.1	0.1	0.1	0.1	0.1	0.5	0.1
Arr3	0.3	0.3	0.3	0.7	0.7	0.7	0.2	0.2	0.1	0.2
Arr4	0.4	0.6	0.7	0.2	0.1	0.3	0.4	0.5	0.3	0.9
B	a	a	a	b	b	b	a	a	a	b

如何根据水平图中的值（或灰度值，每个值是不同的灰色阴影）从浅到深绘制每个 Arr1、Arr2、Arr3、Arr4。

接近 0 的值会使颜色变浅，接近 1 的值会变暗。使用灰度时，0 为白色，1 为黑色。

在图片Arr1中：低值是浅黄色，高值是深黄色（所有值都在0到1之间）

最后一个栏不同，Array: B 是a 和b 的列表，我如何为a 和b 的每次出现绘制不同的颜色。

在 B 的图片中：a 的出现将被着色为 green，b 的出现将被着色为pink。

我不会太担心外框的布局，我会使用ggarrange 将所有图形放在一个图中

我为Array B尝试了什么

B=c(rep("a",1000),rep("b",1000),rep("a",1000))

df=data.frame(B)
df$ID <- seq.int(nrow(df))
df$char=as.numeric(factor(B))

ggplot(df, aes(x=ID,y = char, color = cut(char, breaks = c(0, 1, 2))))+geom_col()+coord_cartesian(ylim=c(0,1))+
  scale_colour_manual(values = c('red','green'),limits=c('(0,1]', '(1,2]'))+
  guides(color = guide_legend(title = 'letter'))

但传说并不完美

数组B 很重要，我无法获得正确或正确的 x 轴比例

  melt(id.vars = "Array") %>%
  mutate(variable = str_extract(variable, "[0-9]+")) %>%
  mutate(value = case_when(
    value == "a" ~ -1,
    value == "b" ~ 2, 
    TRUE ~ as.numeric(value)
  )) %>%
  mutate(zz = 1) %>%
  ggplot(aes(x = Array, y = variable, group = Array, fill = value)) +
  geom_col() + coord_flip()

我猜variable 设置不正确

Answer 1

首先，您的样本数据包括Array等，您可以尝试

df %>% 
  melt(id.vars = "Array") %>%
  mutate(variable = str_extract(variable, "[0-9]+")) %>%
  mutate(value = case_when(
    value == "a" ~ -1,
    value == "b" ~ 2, 
    TRUE ~ as.numeric(value)
  )) %>%
  mutate(zz = 1) %>%
  ggplot(aes(x = Array, y = variable, group = Array, fill = value)) +
  geom_col() + coord_flip()

其次，您最好使用fill 而不是color，这就是您的传说看起来很奇怪的原因。此外，当您使用fill 时，这次您应该使用scale_fill_manual。例如，

ggplot(df, aes(x=ID,y = char, fill = cut(char, breaks = c(0, 1, 2))))+geom_col()+
  coord_cartesian(ylim=c(0,1))+
  scale_fill_manual(values = c('red','green'),limits=c('(0,1]', '(1,2]'))+
  guides(color = guide_legend(title = 'letter'))

#你可以试试

library(RColorBrewer)
df2 <- df %>% 
  melt(id.vars = "Array") %>%
  mutate(variable = str_extract(variable, "[0-9]+"))  %>%
  filter(value %in% c("a","b")) %>%
  mutate(col = value)

df3 <- df %>% 
  melt(id.vars = "Array") %>%
  mutate(variable = str_extract(variable, "[0-9]+"))  %>%
  filter(!value %in% c("a","b")) %>%
  mutate(col = cut(as.numeric(value), 6))

plot.df <- rbind(df2, df3)  
yourScale <- c(brewer.pal(6, "Greys"), "green", "pink")
plot.df %>%
  mutate(variable = as.numeric(variable)) %>%
  ggplot(aes(x = Array, y = variable, group = Array, fill = col)) +
  geom_col() + coord_flip() +
  scale_colour_manual("col", values = yourScale)