我也是本地有多个版本，我的本地php是在OSX系统中使用homebrew安装的，我有两个版本：
php5.4和php5.6
我默认之前的版本是php5.4，如果要从shell和apache同时迁移到php5.6可以这样：
1.首先你要通过brew安装php5.6，很简单：
brew install php56
即可（当然，你要先unlink掉你的老版本php5.4）
2.安装好php5.6之后，你会发现本地的shell中php版本已经change，但是apache默认phpinfo打印出来的版本仍然是php5.4，查看你的apache配置文件，我本地是：
/etc/apache2/http.conf
里面会有支持的libphp5.so的路径，我这里是：
libexec/apache2/libphp5.so
这个目录的实际位置是：
/usr/libexec/apache2/libphp5.so
在你通过brew安装php56的时候，已经生成了一个新的libphp5.so版本，在这里：
/usr/local/Cellar/php56/5.6.17/libexec/apache2/libphp5.so
而我直接把原来的libphp5.so重命名之后，创建了一个软链到/usr/local/Cellar/php56/5.6.17/libexec/apache2/libphp5.so就好了:-)
现在再重启apache，刷新一下phpinfo看一下，相信一定切换到新版本了。