比如注册的tfs地址为https://zhaobl.visualstudio.com,要删除的项目是 bushub
那么需要使用VS2013以上的 C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 12.0\Common7\IDE\TFSDeleteProject.exe 工具，命令行下执行
TFSDeleteProject.exe /collection:https://zhaobl.visualstudio.com/DefaultCollection bushub 就可以删除了。
如果不带 DefaultCollection 会返回远程服务器返回错误:<404> 的错误。
2015.11.03 更新
还有一种简单的方式删除项目，今天TFS管理后台,项目列表上下拉菜单里选择“Delete”