当初遇到这个问题让我好头疼，中文的、英文的网上找了好多方法，试来试去，自己慢慢理解，最后是通过下面方法解决的：
从：http://sourceforge.net/projects/sqlite-dotnet2/files/SQLite%20for%20ADO.NET%202.0/1.0.66.0/ 下载SQLite-1.0.66-source.zip。以后版本可能会有更新，我现在用的最新版是这个。
然后把里面\bin\CompactFramework 下的SQLite.Interop.066.DLL 478KB 复制到手机的\Program Files\项目文件里，并在项目里添加这个目录下System.Data.SQLite.dll 143KB 的引用。
原因是程序部署时会把文件部署到电脑上，而不是手机上，所以要复制下上面文件。
下载.exe的安装包里的东西放手机里会有问题，用.zip的。