这个问题应该是和Microsoft管理控制台（Microsoft Management Console，MMC）有关系
我是在使用 任务计划程序 时碰到这个问题的，网上也有其他人在使用 事件查看器 的时候遇到这个问题。
解决方法很简单：
回到你使用的程序主界面，注意观察输入法栏，切换至输入法关闭（或者切换到其他输入法应该也可以，我猜测），然后再去关闭程序，这下就没有提示了。
知道了解决办法，然后再利用一些知识推理就可以找到真正的答案，在程序的某个窗口中打开输入法之后，输入法程序持有了当前窗口的句柄，在输入法一直保持期间，窗口句柄也无法释放，
导致MMC认为有窗口没有关闭，所以出现了上述提示。
感谢这篇帖子里的wook2015，是他的回答让我想清楚了这个问题。