https://arxiv.org/pdf/2002.11430.pdf

多模配准最困难的地方:

1、多模态或序列的similarity measurement,例如mutual information(MI),需要binning or quantizing,这样离散化会导致gradient vanishing,

2、no ground-truth .

在不同强度、噪声、模糊的数据间进行多模配准。引入了:

1、gradient loss:鲁棒性更强(across sequences,以及跨模态的大形变。)

2、adversarial learning approach:希望把多模配准转变成单模配准,以提高配混精准度。

二、方法

模型组成三个部分:

1、image transformation network T输出registration warp field。

2、image generator G

3、discriminator D,用以区分真实图像和生成图像。

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION

图1、a transformation network T, a generator G and a discriminator D。训练的时候一步一个网络的训练。

1、transformation network T:   

             输入- the reference image R and the floating image F

             输出- the registration warp field DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION

             DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION

2、generator G

             输入-warped DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION

             输出-synthesizes imageDEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION 也就是将floating image domain生成为reference image domain。

             DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION

3、discriminator D

             输入- the reference image R和 synthesizes imageDEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION 

             输出-

              DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION

 将多模配准DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION和单模配准DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION共享同一个形变场DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION,也就是说每个像素 DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATIONDEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION与合成图像DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION一一对应。。在网络早期训练阶段T训练的不完全,配准结果也不好,假设我们采取类似于Pix2Pix的结构并且将不成对的DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION和R输入到discriminator,generator就会confused然后生成一个misaligened DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION

为了解决这种unparied,论文提出了gradient-constrained GAN方法,loss是学习的,即惩罚output 和target,也惩罚了output和source。

generator的任务有三个部分: fooling the discriminator, 最小化output 和target之间的L1距离,并且保证output纹理相似source。

discriminate 的任务还是没有改变:discriminate real 和 fake。

T和G之间U-Net-like network,D、G、T的优化是一步一步进行的,一个网络训练的时候,另外两个网络的参数会被冻结。生成器G逐渐更新,DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION 越来越真实,从而更新变换网络 T和DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATIONDEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION也会逐渐与R对齐,然后训练G。T和G的结果会越训练越好。

2.2 Loss

多模配准的loss一般有两个MI、NGF,如果利用MI的Parzen Window来解决梯度消失问题,但实际上会消耗很多的显存,很难训练。

而NGF就很难收敛。因此我们提出了local gradient loss来描述多模之间的局部结构信息。和NGF相似,但是比NGF对噪声更鲁棒,收敛更快。

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION是volume DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION的一个voxel position。local gradient:

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION                (1) 

x,y,z是gradient filed 并且p会在p周围DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION邻域仅性得,梯度可以归一化为:

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION                                                              (2)  

其中DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION是L2距离,local gradient loss在R和F上的定义是:

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION                                          (3)

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION是R和F的volume domain。在local gradient实验中,如果等式1中n非常小,就很难收敛,如果n太大,R和F的边缘就很难对齐,实际上DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION结果最好。

变换损失T的损失:

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION                              (4)

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION由两部分组成:DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATIONDEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION负local cross-correlation,以及DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATIONDEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION之间的local gradient distance :

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION            (5)

空间平滑项:

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION                                                            (6)

Pix2Pix的loss的表达式:

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION                             (7)

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION是条件GAN的目标函数DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION是source 和the ground truth traget的L1距离。L1比较的是pixel之间的比较,这样直接比较是不对的。论文使用local gradient loss约束合成图像DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION 和原图像DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION之间的的gradient距离,并保持输出纹理与原图之间的相似性。

我们结合GAN对象和local gradient loss来组成完备的loss:

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION     (8)

三、实验和结论

3.1 数据集

235组数据训练,50组数据测试。下采样到112 x 128 x 96,论文增加随机平移、旋转、放缩和弹性形变作用在输入和合成数据上。合成的形变场可以看做是真实的配准场。形变场最大的范围压缩在-40~+40

3.2. Baseline 方法

传统的MI方法、VoxelMorph(local cross-correlation只在单模配准中比较好),虽然有MI、NGF和LG,但实际上只有LG可以用来配准

3.3 评价

权重:   DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION(公式4)

           DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION(公式5)

           DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATIONDEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION(公式8)

          CC和 local gradient窗口大小7x7x7

          优化器ADAM学习率1e-4

         显卡1080ti 11GB

        Deform-GAN-2 有gradient-constrained loss

         Deform-GAN-1没有gradient-constrained loss

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION

图2、不同方法的配准结果

MI是全局的度量,因而局部评价比较困难。voxelMorph的local CC是基于灰度值的,因此在cross-sequence来说并不有效。voxelmorph的gradient loss似乎更有效一点,可以用来度量R和F之间的大形变。从而也证实了local gradient loss是有效的Deform-GAN-2和Deform-GAN-1配准效果更好,图2第二行中有噪声和模糊,deform-GAN也取得了较好的结果,从实验结果来看Deform-GAN-2的结果更好(含有local gradient loss)。

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION

图3、配准对比

gradien constraint是的使得收敛更快,deform-GAN-2更稳定,在第一个epoch就能看到清晰的DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION ,黄色的箭头表示deform-gan-2比deform-gan-1的噪声更少,DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION,需要严格的刚性对齐,红色箭头表示Deform-GAN-2比Deform-GAN-1对的更齐。

为了量化配准结果,利用root mean square error(RMSE)计算合成形变场(ground truth),另外使用Dice score评价配准结果。已经相应的配准速度。

表1、配准评价

DEFORM-GAN:AN UNSUPERVISED LEARNING MODEL FOR DEFORMABLE REGISTRATION

虽然比voxelmorph慢,但依旧比传统算法快多了。

四、结论

Adversarial learning 对抗学习方法将多模相似性度量转换成单模。我们可以通过gradient based loss和local CC的加权和来改进配准结果,使基于gradient 的配准采用全局粗对准,而local CC损失保证配准精度。在大的形变中更有效、不关注与强度计算,对噪声、模糊都有一定的鲁棒性,并且运行速度更快。

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