U盘的主要格式：
NTFS—目前有五个正式的版本，可以支持分区大小达到2TB，是一个可恢复的文件系统，同时支持对分区、文件夹和文件的压缩，更加高效的管理磁盘空间。对于赋予文件或文件夹的权限功能，加强了私密性与安全性。但是这种格式的磁盘在mac上使用的时候会有限制，需要安装一个读写工具（像是paragon ntfs或者tuxera ntfs）。
FAT32和FAT16—相对老式的文件系统，在不超过8GB的分区中，FAT32分区格式的每个簇容量都固定为4KB，与FAT16相比，减少了磁盘的浪费，提高了磁盘利用率。但其磁盘运行速度相对较慢。FAT文件删除后写入新资料是，不会全部写入，成为其最大的弊端。
exFAT—是台式电脑的主要选择，支持Apple MAC 10.10以上系统，特别适合于闪存的文件系统。具有可扩展性功能，但功能仍具有局限性。